وحينذاك، كانت هناك منطقتان إلى الجنوب من مصر وقعتا تحت التأثير القوي للإمبراطورية الرومانية وتأثرتا بالنصرانية الأولى وهما أكسوم والنوبة. وقد تأسست مملكة أكسوم قبل الميلاد في تلك المنطقة التي تعرف حاليًا باسم شمال شرقي إثيوبيا. ازدهرت أكسوم كملتقى طرق بين الإمبراطورية الرومانية والهند وتحولت إلى دولة نصرانية خلال القرن الرابع. وقد هزمت أكسوم دولة كوش المجاورة في عام 350م، ومن ثم تحكمت في كل الطرق البرية والبحرية التي تربط إفريقيا بكل من أوروبا وآسيا. وقد انهارت مملكة أكسوم بعد القرن السادس الميلادي، إلا أن تقاليدها النصرانية بقيت حيةً لتشكل الأساس للكنيسة النصرانية الإثيوبية.
وعلى أثر سقوط كوش، قامت عدَّة ممالك في وادي النيل في منطقة النوبة. وقد كانت ممالك زراعيةً غنيةً احتفظت بعلاقات تجارية وثيقة مع مصر النصرانية. وقد حولت الإرساليات المصرية النوبيين إلى النصرانية في القرن السادس الميلادي. وازدهرت النصرانية في النوبة مئات من السنين وامتد النفوذ الديني لبلاد النوبة غربًا إلى كثيرٍ من البلاد المجاورة.
ظهور الإسلام. كان ظهور الإسلام أحد التطورات المهمة في التاريخ الإفريقي. ظهر الإسلام في الجزيرة العربية في أوائل القرن السابع الميلادي. وخلال 100 عام، أقام المسلمون العرب إمبراطورية تمتد من الشرق عبر إفريقيا الشمالية إلى أسبانيا. فتح المسلمون مصر عام 17هـ، 639م، ونشروا الدين الإسلامي في كلَّ إفريقيا الشمالية قبل عام 78هـ، 710م. انقسمت الدولة الإسلامية فيما بعد إلى دويلاتٍ أصغر، ولكن صلات الدين واللغة والتجارة بقيت حيةً تربط المسلمين بعضهم ببعض.