وتتكاثر الهايدرا عادةً عن طريق التبرعم؛ وهي نتوءات صغيرة تظهر على جسم الهايدرا من حين لآخر. وعندما تنمو هذه البراعم يصبح لها مجسات، وعندما يكتمل نموها تمامًا تنفصل وتعيش مستقلة. والهايدرا تنتج البيض وتفرز السائل المنوي في جدار الجسم، ثم تتحد إحدى البيضات مع السائل المنوي ويكبر حجمها ثم تنفصل في حينها عن الوالدين وتقذف بنفسها في الماء، وهناك كبسولة خارجية قوية تحمي البيض من التلف أو التجمّد أو الجفاف. وبعد فترة زمنية قصيرة جدًا، يفقس البيض وتخرج منه الهايدرا الصغيرة.
وتستطيع الهايدرا أن تعوّض كل ما تفقده من أجزاء جسمها وذلك خلال عدة أسابيع، ولذلك فإن الهايدرا لايكبر سنّها أبدًا.