الحكومة الوطنية. يُعد رئيس الجمهورية رئيس الحكومة في إندونيسيا. كتب الدستور الإندونيسي عام 1945م، وبموجب التعديلات التي أجريت عليه عام 1999م تم تقليص عدد أعضاء جمعية الشعب الاستشارية من 1000 عضو إلى 700 عضو من بينهم 500 عضو يمثلون مجلس نواب الشعب أو البرلمان الوطني. بينما يمثل 135 عضوًا المناطق أو المقاطعات. وتعين لجنة الانتخابات العامة التي تعد نتائج الانتخابات 65 عضوًا يمثلون المجموعات المهنية والاجتماعية الأخرى. وتجتمع الجمعية مرة واحدة فقط كل خمس سنوات. وينتخب الشعب 462 عضوًا من أعضاء البرلمان ويعين 38 عضوًا من بين القوات المسلحة. ومن مهام هذه الجمعية انتخاب رئيس الدولة لمدة خمس سنوات ولكن ليس لأكثر من فترتين.
ويفترض نظريًا أن الرئيس وجمعية الشعب الاستشارية هما اللذان يقرران سياسة الحكومة، لكن عمليًا فإن هذه الجمعية ومجلس النواب لا يتمتعان بقوة حقيقية؛ إذ إن الرئيس هو الجهة الوحيدة التي تتخذ القرارات المهمة بالتعاون مع مستشاريه من العسكريين والمدنيين.
الحكومة المحلية. تنقسم إندونيسيا إلى 27 مقاطعة. وتنقسم المقاطعات إلى بلديات ومناطق. وهذه البلديات والمقاطعات تشتمل على العديد من القرى. تُعَيِّن الحكومة المركزية جميع الموظفين الحكوميين في هذه المناطق باستثناء القرى، حيث ينتخب سكان القرى حكام قراهم.
الشؤون السياسية. حتى عام 1998م كان تنظيم جولكار أقوى التنظيمات السياسية في إندونيسيا؛ فقد سيطر على الحياة السياسية فيها. وجولكار ليس حزبًا سياسيًا تقليديًّا، وإنما يتألف من حرفيين وعسكريين وغيرهم. وفي عهد سوهارتو حظي أعضاؤه بأغلبية كبيرة في المجلس النيابي. وكان قد سمح لحزبين آخرين بالعمل هما حزب التنمية المتحد، والحزب الديمقراطي الإندونيسي. ولكنهما كانا أضعف بكثير من جولكار في عهد سوهارتو.