العصور القديمة. لا يعرف العلماء سوى القليل عن أصل الإندونيسيين. فقد وجد العلماء في جزيرة جاوة عظامًا لنوع مبكر من إنسان ما قبل التاريخ. فقد اكتشف في عام 1891م قرب بلدة ماياكيرتا في شرقي جاوه بقايا إنسان عاش قبل عصور التاريخ في إندونيسيا. كما اكتشف الجراح الهولندي يوجين دوبوا بقايا هيكل إنسان عاش قبل نصف مليون سنة. وقد عُرف هذا الهيكل بإنسان جاوة. لمزيد من التفاصيل، انظر: إنسان جاوة. ولم يجد العلماء أية أدلة تفيد أن إنسان جاوة هو الجد الأعلى للإندونيسيين.
شعب الملايو. جاء الملايويون، الذين يشكلون معظم أجداد الإندونيسيين من جنوب شرقي آسيا، في سلسلة من الهجرات في الفترة من 2500 إلى القرن الثاني ق.م، وعاش هؤلاء الملايويون في قرى، وتعلموا صناعة البرونز والحديد والنسيج وتسيير السفن عبر البحر. وكانوا يعبدون الرعد والأرواح التي تسكن الصخور، والجداول والأشجار، بالإضافة إلى آلهة المطر والتربة وغيرها من عناصر الطبيعة.
النفوذ الهندي
وجد المؤرخون مؤشرات على النفوذ الهندي تعود إلى القرن الخامس الميلادي في إندونيسيا، مع أن النفوذ الهندي ربما يكون قد تطور في إندونيسيا قبل ذلك بمئات السنين. ولم يؤسس الهنود مستعمرات لهم في إندونيسيا. لكن بعض مظاهر الحضارة الهندية دخلت إندونيسيا عن طريق التجارة. فأخذ حكام الممالك الصغيرة في إندونيسيا الأفكار الهندية حول الملك وحول تنظيم المملكة. فكثير من الكلمات الإندونيسية المتعلقة بالملوك والحكومة جاءت من السنسكريتية وغيرها من اللغات الهندية فكلمة راجا الإندونيسية، على سبيل المثال تعني (ملك) .