جاء الإسلام إلى إندونيسيا مع التجار المسلمين من الهند والجزيرة العربية. وقد انتشر الإسلام تدريجيًا بين الإندونيسيين؛ إذ بدأ يمد جذوره في إندونيسيا قبل انتهاء فترة النفوذ الهندي بوقت طويل. وفي العقد الأخير من القرن الثالث عشر الميلادي اعتنق أحد الحكام الإندونيسيين المحليين في شمالي سومطرة، ويُدعى الملك الصالح الذي كان حاكمًا لباساي وأتباعه الإسلام. وقد وجد نقش على بلاط ضريحه يفيد بأنه توفي عام 1297م. وزار الرحالة ابن بطوطة باساي عام 1345م، فوجد سلطانها كريمًا، مولعًا بالحوار الديني، متواضعًا، يذهب للمسجد أيام الجمعة. وقام هذا السلطان بإرسال البعثات الدينية لتدعو الناس حول باساي إلى الإسلام. انظر: ابن بطوطة.
ظهور ملقا. أصبحت ملقا وتنطق (ملاكا) على الساحل الغربي لشبه جزيرة الملايو مركزًا للدين الإسلامي، وكذلك مركزًا تجاريًا في نحو عام 1400م. ويعتقد سكان الملايو أن بارامسْوارا، وهو أمير من سومطرة، اتخذ جزيرة سنغافورة ملجأ عند هروبه من الأعداء. وبعد ذلك انتقل إلى ملقا، التي كانت قرية لصيد السمك، وقاعدة للقراصنة الذين كانوا يعترضون السفن المارة عبر المضيق. وقد أصبحت ملقا مركزًا تجاريًا مهمًا تحت حكم بارامسوارا، فسيطرت على مضيق ملقا وصارت مركزًا لإمبراطورية تجارية جديدة. ويعتقد المؤرخون أن بارامسوارا نفسه اعتنق الإسلام. وفي عهد ابنه المسلم أصبحت ملقا قاعدة انتشر منها الإسلام ونما بسرعة. وقد انتشر الإسلام انتشارًا كبيرًا في شمالي سومطرة خلال القرن الخامس عشر الميلادي.