وكان السلطان عبدالعزيز مؤمنًا ببراءة ابن الخطيب وسلامة عقيدته فلم يستجب لطلب غرناطة. ولكن بعد وفاة السلطان. اضطربت الأمور في فاس فسُجن ابن الخطيب وعُقدت له محاكمة في مجلس السلطان رمته بتهم كثيرة أخطرها الزندقة وانتهى الأمر بقتله خنقًا في السجن ثم مُثِّل بجثته، فانتهت حياته نهاية مأساوية.
من أهم مؤلفاته: الإحاطة في أخبار غرناطة؛ والكتيبة الكامنة في شعراء المائة الثامنة؛ الدرر الفاخرة واللجج الزاخرة؛ جيش التوشيح؛ السحر والشعر؛ كناسة الدكان؛ اللمحة البدرية في الدولة الناصرية وغير ذلك، بجانب ديوان شعره وموشحاته.