في البداية لم يكن هناك صراع يذكر بين المستوطنين الصينيين والهولنديين ولكن مع ازدياد أعداد الصينيين في باتافيا، التي أصبحت جاكرتا فيما بعد أصبح الهولنديون قلقين. وفي عام 1740م أمرت الحكومة الهولندية باعتقال كل الصينيين الذين ليس لديهم مصدر جيد للعيش. وسرت شائعة بين الصينيين أن الهولنديين سيرحلونهم على سفن متجهة إلى سيلان (سريلانكا) ، وفي الطريق عندما يبتعدون عن جاوه سيلقون بهم في البحر. قام الصينيون في باتافيا بتكوين فرق مسلحة. وخاف السكان الهولنديون من اندلاع انتفاضة صينية مسلحة، فبدأ الهولنديون والجاويون في قتل الصينيين في أنحاء منطقة باتافيا وحرق منازلهم وإتلاف بضائعهم. وراح ضحية هذه المذبحة نحو 10,000 صيني، وهرب الكثيرون إلى جاوه، حيث وجدوا بعض الجاويين الذين تعاطفوا معهم وساندوهم في حربهم ضد الهولنديين. ولم يمض وقت طويل، حتى انتشرت مقاومة الهولنديين في أنحاء جاوه. استعان الهولنديون بالمرتزقة لاستعادة النظام في جاوه، وتحقق لهم ذلك خلال سنوات قليلة.
وباستثناء حقبة قصيرة من السيطرة البريطانية، فقد حكم الهولنديون جاوه طوال السنوات المائتين التالية. وفي عام 1811م في أثناء الحروب النابوليونية، استولى البريطانيون على جاوه وحكموها لمدة خمس سنوات قبل أن يسلِّموها مرة ثانية للهولنديين.
كانت حرب جاوه من عام 1825 إلى عام 1830م ثورة كبرى ضد حكم الهولنديين. في عام 1830م، انتهجت هولندا نظامًا للزراعة سيئ السمعة لتستطيع من خلاله تغطية نفقات الحرب، وقضى هذا النظام أن يقوم الجاويون بزراعة المحاصيل التي يحتاجها الهولنديون واستمر حتى عام 1860م.