وفي عام 1956م أُجيز دستور جواتيمالا الخامس، ولكن الاضطراب السياسي بقي مستمرًا، وسيطر الجيش على الحكم مرة أخرى عام 1963م، وأعلن دستورًا سادسًا عام 1966م. وأجريت انتخابات في العام نفسه، وأعيدت حكومة مدنية برئاسة جوليو سيزار مسينديز مونتينيغرو، ولكن الاضطراب استمر في البلاد. شنت المجموعات المتطرفة يمينًا ويسارًا الغارات الإرهابية. ولقي عدد من القادة السياسيين الجواتيماليين، والسفير الأمريكي، وغيرهم، مصرعهم.
وفي عام 1976م أصاب الزلزال الشديد جواتيمالا ونجم عنه موت 23,000 نسمة، وحدوث أضرار بالغة في الممتلكات.
ادعت جواتيمالا في الفترة ما بين 1821م إلى 1983م ملكية بليز (هندوراس البريطانية سابقًا) ، والتي تقع على حدودها الشرقية. ولكن بريطانيا حَكمت بليز، ومنحتها الاستقلال عام 1981م. واعترضت جواتيمالا على حكم بريطانيا وعلى منحها بليز الاستقلال. وفي عام 1983م تنازلت جواتيمالا عن مطالبها الخاصة بالسيطرة على كل بليز، وطالبت فقط بالخمس الجنوبي منها.
وفي أواخر السبعينيات انتشر العنف في جواتيمالا بصورة كبيرة، وحاربت مجموعات يسارية عديدة القوات الحكومية. شملت الجماعات المعادية للحكومة، الشيوعيين الذين كان أكثرهم من سكان الريف، بما فيهم الهنود الذين لا يملكون إلا القليل من السلطة الاقتصادية، والسياسية. وقد أجبرت الحرب التي دارت بين الثوار، وقوات الحكومة الكثيرين من الهنود على الفرار غربًا وشمالًا متوغلين داخل الجبال أو إلى المكسيك.