تنبني البيداغوجيا الفارقية على مجموعة من الأهداف والغايات، ويمكن تحديدها في القائمة التالية:
(تحقيق تكافؤ الفرص بين تلاميذ الفصل الدراسي، وتطوير القدرات التعليمية - التعلمية لدى المتعلم؛
(الحد من الفشل أوالإخفاق الدراسي؛
(محاربة الهدر المدرسي؛
(تطوير المنظومة التربوية والديداكتيكية لتحقيق الجودة والمردودية بمراعاة الفوارق الفردية؛
(تفريد التعليم في ضوء تقديم مقاطع دراسية متنوعة، حسب قدرات كل متعلم على حدة؛
(تأهيل المتعلمين للتكيف الإيجابي مع المجتمع، بعد صقل مواهبهم، وتنمية ذكاءاتهم ومواهبهم المتنوعة والمختلفة والمتعددة؛
(تحقيق المساواة الاجتماعية والطبقية داخل المجتمع الواحد، بعد تمهير المتعلمين بكفاءات وقدرات تؤهلهم لمزاولة أعمالهم في ظروف حسنة؛
(خلق مدرسة النجاح القائمة على التفريد والتنويع والتفريق، والكفاءة الإدماجية، والجودة الكمية والكيفية، والتعلم الذاتي، والإنتاجية المثمرة؛
(بناء وضعيات وأنشطة ديداكتيكية، بمراعاة مجموعة من الفوارق الفردية والنفسية والاجتماعية والثقافية والتربوية داخل الفصل الدراسي الموحد؛
(ربط التعليم بتحقيق حاجيات المتعلمين النفسية والاجتماعية والثقافية، بوضع المناهج والبرامج والمقررات والدروس التي تتلاءم مع ميول التلاميذ ونوازعهم وأهوائهم ورغباتهم، وتتناسب مع قدراتهم الذاتية والذكائية والتحصيلية.