في كتابه"منهاج البراعة في شرح نهج البلاغة"يثبت مير الخوئي تحريف القرآن بالزيادة والنقص, ويورد سورة الولاية المفتراة ويثبتها في كتابه العقيم.. وقد جاء في ترجتمه في الكتاب:"هو العلاّمة المؤيد المسدّد المتبحر الأديب الحاج مير حبيب اللّه بن السّيد محمّد الملقب بأمين الرعايا ابن السّيد هاشم بن السيّد عبد الحسين"....
القسم الثالث الأدلة الدّالة على وجود النّقصان فقط ،
و هي كثيرة .
اولها ما رواه في الكافي عن هشام بن سالم عن أبي عبد اللّه عليه السّلام ، قال: إنّ القرآن الذي جاء به جبرئيل إلى محمّد صلّى اللّه عليه و آله سبعة عشر ألف آية ، و وجه دلالته أنّ الموجود بأيدينا من القرآن لا يزيد على سبعة آلاف آية ، و على ما ضبطه الشّيخ الطبرسي ستّة آلاف و مأتا آية و ستّة و ثلاثون آية .
الثانى ما رواه الطبرسي في الاحتجاج عن عليّ عليه السّلام في جواب الزّنديق الذي احتجّ عليه بتناقض ظواهر بعض الآيات أنّه عليه السّلام قال: و أمّا ظهورك على تناكر قوله:
( وَ إِنْ خِفْتُمْ أَلاّ تُقْسِطُوا في الْيَتامى فَانْكِحُوا ما طابَ لَكُمْ مِنَ النِّساءِ ) و ليس يشبه القسط في اليتامى نكاح النّساء و لا كلّ النّساء أيتام ، فهو ممّا قدّمت ذكره من إسقاط المنافقين في القرآن بين القول في اليتامى و بين نكاح النساء من الخطاب و القصص أكثر من ثلث القرآن ، و هذا و ما أشبهه ممّا أظهرت حوادث المنافقين فيه لأهل النّظر و التّأمل و وجد المعطلون و أهل الملل المخالفة للاسلام مساغا إلى القدح في القرآن ، و لو شرحت لك كلما اسقط و حرّف و بدّل ممّا يجرى هذا المجرى لطال و ظهر ما يحظر التّقية إظهاره من مناقب الأولياء و مثالب الأعداء .