وفي عام 1816م استولت هولندا ثانية على جاوه وجزر الهند الشرقية. وقامت بتطبيق أساليب جديدة لتنظيم الزراعة والضرائب.
نظام الاستزراع. قدم الحاكم الهولندي جوهانز فان دين بوش نظامًا جديدًا للحصول على المنتجات الإندونيسية للتصدير سُمِّي نظام المزارعة. وبمقتضى هذا النظام فُرض على المزارعين أن يدفعوا خُمس إنتاجهم. فعلى المزارعين أن يتركوا 20% من أراضيهم الزراعية جانبًا لتُزرع بالمحاصيل التي تأمر بها الحكومة. وهذه المحاصيل هي البن والنيلة والسكر والشاي والتبغ. وقد وضعت الحكومة أسعارًا ثابتة لهذه المحاصيل التي كانت تبيعها بنفسها في أوروبا محققة بذلك أرباحًا كبيرة.
الاستعمار. ثار الأمير ديبونيجورو في وسط جاوة على الهولنديين عام 1825م، مع أن معظم سكان جاوة لم يشاركوه ثورته. وفي عام 1830م قبض عليه الهولنديون. ولم يستطع الهولنديون بسط سيطرتهم خارج جاوة وسومطرة إلا بعد عام 1870م، ونتيجة لعدم اتحاد الولايات الإندونيسية ضد الهولنديين، فقد سقطت هذه الولايات في أيدي الهولنديين واحدة تلو الأخرى. وقد عرفت سياسة تشجيع المشروعات الخاصة للهولنديين في إندونيسيا بالسياسة التحررية؛ إذ أحدثت هذه السياسة تغيرات سياسية واقتصادية متعددة في إندونيسيا. فتغيرت سياسة الحكومة الهولندية منذ عام 1870م، حيث سمح للأشخاص بالاستثمار في الزراعة.
السياسة الأخلاقية. أدت السياسة التحررية إلى زيادة الثروة في إندونيسيا. لكن الإندونيسيين لم يأخذوا نصيبهم منها، بينما حقق الهولنديون أرباحًا كبيرة؛ فهبط مستوى معيشة الإندونيسيين. وفي هولندا انتقدت جماعة حقوق الإنسان الهولندية السياسة الهولندية في إندونيسيا، واعتبروا أن على الهولنديين دينًا لأن ثراءهم استمدوه من المستعمرة.