الاحتلال الياباني. احتل اليابانيون إندونيسيا في مارس 1942م. وأعطت سلطات الاحتلال الياباني للإندونيسيين أعمالًا مهمة، كان قد استثناهم منها الهولنديون. كما أعطى اليابانيون بعض الاعتراف بالقادة الوطنيين ليجعلوا حكمهم أكثر تقبلًا. فاستغل سوكارنو وضعه ليعمل وسيطًا بين الجيش الياباني والشعب الإندونيسي ليتحدث ضد الاستعمار. وفي 14 أغسطس 1945م استسلم اليابانيون للحلفاء. وفي 17 أغسطس من نفس العام أعلن سوكارنو وحاتا جمهورية إندونيسيا المستقلة، ولكن الهولنديين لم يعترفوا بهذا الإعلان.
وصلت القوات البريطانية إلى إندونيسيا بعد استسلام اليابان ووجدوا أن الوطنيين الإندونيسيين قد شكلوا حكومتهم. وعندما رجع الهولنديون وجدوا أن الحكومة الوطنية قد توطدت. وقد غادرت القوات البريطانية بنهاية عام 1946م تاركين الإندونيسيين والهولنديين في صراع من أجل السيطرة.
الاستقلال تحيي إندونيسيا ذكراه بالنصب التذكاري الوطني في ميدان ميرديكا بجاكرتا.
حرب الاستقلال. شهدت السنوات الثلاث اللاحقة كفاحًا قاسيًا تزايد مع المفاوضات.فلم يستطع أي من الطرفين أن يكسب الحرب. فسيطر الهولنديون على الموانئ والمدن المهمة، بينما سيطر الثوار الجمهوريون على المناطق الواقعة خارج المدن. واستخدم الهولنديون في جيشهم الاستعماري جنودًا إندونيسيين، معظمهم من أمبون. وبعد خروج الهولنديين، شعر الإندونيسيون بمرارة نحو من قاتل منهم في صفوف الهولنديين. وقام الهولنديون بمساندة المتمردين الذين حاولوا إنشاء دولة مستقلة لهم في أمبون، ولذلك فقد استقرت عدة عائلات من أمبون في هولندا بعد فشل هذا التمرد.
وفي عام 1946م توصل الإندونيسيون والهولنديون إلى اتفاقية، وعد الهولنديون بموجبها باستقلال محدود للإندونيسيين ضمن الاتحاد الهولندي. وفي ديسمبر 1949م ولدت جمهورية إندونيسيا الفيدرالية، وكان رئيسها الأول سوكارنو ورئيس وزرائها محمد حاتا.