في عام 1908م حفّز طبيب من جاوة يُدعى واحيدين سوديروهوسودو تكوين أول تنظيم وطني إندونيسي أسماه بودي أوتومو أي (المسعى العالي) . لم يكن هذا التنظيم قويًا بما فيه الكفاية ليتحدى السلطات الهولندية. وكانت أهدافه حضارية وليست سياسية.
وفي عام 1912م أسست مجموعة تجار من جاوة جمعية أصبحت تُسمى سركات إسلام أي (الاتحاد الإسلامي) ، شكل تحدّيًا كبيرًا للهولنديين. ازداد اعتماد الجماعة على الدعم الإسلامي، لكنها واجهت تحدّيًا من الحزب الشيوعي حديث التشكيل. وقد دخلت جماعات من الشيوعيين في الاتحاد الإسلامي، وحاولت التأثير فيه.
وخلال عشرينيات القرن العشرين، استطاع الاتحاد الإسلامي طرد الشيوعيين من صفوفه، كما ظهرت أحزاب وجمعيات وطنية إندونيسية أخرى كالحزب الوطني الإندونيسي بقيادة سوكارنو والحزب الإندونيسي بارتندو وحزب الشعب الإندونيسي وحزب إندونيسيا الأعظم بارندرا ومجموعة الحرية والتي تقلد اثنان من أعضائها منصب رئيس الوزراء الإندونيسي، وهما محمد حاتا وسوتان سجاهرير.
رد الفعل الهولندي على الحركة الوطنية. سمحت الحكومة الهولندية للحركة الوطنية أن تنمو؛ فأدخلت مجالس البلدية عام 1905م لتحكم المدن والبلديات، والتي بلغ عددها 32 مجلسًا بحلول عام 1920م. ومع بداية عام 1918م أوجدت حكومة المستعمرة جمعية وطنية أو ما أطلق عليه اسم فولكِسْراد، أي مجلس الشعب. واشتمل في عضويته على ممثلين هولنديين وإندونيسيين وآسيويين بعضهم بالانتخاب وبعضهم الآخر بالتعيين.
وأعلن الوطنيون الإندونيسيون الشباب دولة ذات أمة واحدة توحدها اللغة الإندونيسية، وذلك في مؤتمر عقدوه في جاكرتا عام 1928م. وظهر سوكارنو كأبرز القادة الوطنيين. وتم اعتقاله من قبل الهولنديين عام 1929م، وأُطلق سراحه عام 1931م. واعتُقِل ثانية عام 1933م مع محمد حاتا وسوتان سجاهرير.
ميلاد إندونيسيا المستقلة