قدم سوهارتو استقالته في 22 مايو 1998م بعد فترة حكم استمرت 30 عامًا. وتولى حبيبي المنصب إلى حين إجراء انتخابات عامة جديدة. احتفظ حبيبي بأغلب الوزراء الذين عملوا في إدارة سوهارتو، وفشل في استقطاب المعارضة إلي حكومته. ويعرف أن الحركة المحمدية التي يقودها أمين رئيس تعتبر من أكبر الحركات المعارضة (30 مليون عضو) . من ناحية أخرى اتجهت الأنظار إلى الجنرال ويرانتو وزير الدفاع في عهدي سوهارتو وحبيبي الذي شكل مجلسًا للإصلاح الاقتصادي ضم كبار جنرالات الجيش وقيادات الحركات الإسلامية وبعض قادة الأحزاب العلمانية في محاولة للخروج بالبلاد من الأزمة الاقتصادية التي بدأت تقضي على عنفوان النمور الآسيوية واحدًا إثر آخر.
وبعد مضي 17 شهرًا على رئاسته للبلاد حجبت جمعية الشعب الاستشارية الثقة عن حبيبي وحكومته. وفي يونيو 1999م، حصل الحزب الإندونيسي الديمقراطي للنضال بقيادة ميجاواتي سوكارنو على أغلب مقاعد جمعية الشعب الاستشارية. وفي 20 أكتوبر عينت الجمعية عبدالرحمن وحيد زعيم حزب الصحوة الوطني رئيسًا لإندونيسيا، كما عينت ميجاواتي نائبه للرئيس.
في 30 أغسطس 1999م صوت سكان إقليم تيمور الشرقية لصالح إستقلال الإقليم الذي ضمته إندونيسيا لأراضيها عام 1976م بعد خروج البرتغاليين منه. خضع الإقليم لإدارة الأمم المتحدة منذ إجراءات الإستفتاء، ولكن عناصر الميلشيات المسلحة المعارضة لإستقلال الإقليم والتي يدعمها الجيش الإندونيسي بدأت أعمال نهب واسعة في الإقليم مما اضطر نحو مائة ألف إلى النزوح إلى تيمور الغربية التابعة لإندونيسيا. وفي سبتمبر 2000م، وقعت الحكومة الإندونيسية على مذكرة تفاهم مع رئيس بعثة الأمم المتحدة في تيمور الشرقية شهدها شانانا جوسماو زعيم مجموعة الإستقلال الرئيسية في تيمور الشرقية. واتفق المشاركون على إعطاء اللاجئين حق الاختيار بين البقاء في إندونيسيا أو العودة إلى تيمور الشرقية.