وتحكي النقوش التي اكتشفت بعد ذلك، والمكتوبة باللغة الجاوية القديمة على أطباق من النحاس، عن الممالك المتأخرة في وسط جاوه. في منتصف القرن الثامن الميلادي، حكمت سانجايا مملكة ماتارام. وفي أوائل القرن العاشر الميلادي، سيطر حاكم اسمه باليتونغ، على وسط وشرق جاوه. وبعد سنوات قليلة هجر الحكام وسط جاوه وانتقلوا إلى شرقها، ربما بسبب الموقع الجيد للشرق، الذي يعطيهم الحرية في الوصول إلى البحر والتجارة. وفي عام 1294م قامت إمبراطورية ماجاباهيت في شرقي جاوه وأصبحت قوة بحرية، تسيطر على تجارة البهارات والتوابل.
انتشار الإسلام. تسجل مشاهد القبور بالقرب من ماجاباهيت وجود الفاتحين المسلمين في شرقي جاوه، ابتداءً من عام 1376م فصاعدًا. بدأ الإسلام ينتشر في جاوه، عن طريق الوعاظ القادمين من ملقا في شبه جزيرة الملايو. وقد اقتفى الدين أثر التجارة عند انتشاره، فوصل إلى موانئ على الساحل الشمالي مثل: ديماك، توبان، سورابايا. وبالتدريج استسلمت الممالك الهندوسية للإسلام وانسحب الفارون إلى بالي، تاركين سلاطين المسلمين يحكمون جاوه. وفي عام 1513م هاجم أمير مسلم من جيبارا البرتغاليين في ملقا، وأصبح فيما بعد حاكمًا لديماك. وكان السلطان أجنج واحدًا من أشهر سلاطين المسلمين الذين تولَّوا الحكم من 1613م إلى 1646م. انظر: آجنج، السلطان.
وصول الهولنديين. أصبحت بانتام في غربي جاوه ولاية مسلمة تقريبًا، بعد دخول شرق جاوه الإسلام. وموقع بانتام المتميز على الساحل بالقرب من مضيق سوندا ومضيق ملقا جعلها تبرز كأهم ميناء تجاري بين كل الجزر. وصلت أول سفن تجارية هولندية إلى بانتام في عام 1596م. وفي عام 1619م، أسست شركة الهند الشرقية الهولندية محطة رئيسية لها في ميناء قريب، هو مكان جاكرتا الحالية. واجتاح الهولنديون بانتام، وخلال الـ 200 عام التالية، استطاعوا السيطرة السياسية على الولايات المحلية في كل أنحاء جاوه.