تمكن عديد من الحكومات بجزر القمر من امتلاك بعض القوات لفترات زمنية قصيرة، خاصة بعد إعلانها الاستقلال. وفي عام 1978م كون أهل جزر القمر تشكيلًا حكوميًا جديدًا مكونًا من رئيس هو أحمد عبدالله عبد الرحمن، الذي انتخب رئيسًا لها في عام 1984م، ولم يحكم غير خمس سنوات إذ اغتيل في نوفمبر من عام 1989م، وبحلول شهر مارس من عام 1990م تم انتخاب رئيس آخر لجزر القمر هو سعيد محمد جوهر.
وفي نهاية 1995م، عين رئيس الوزراء كابي ياخورتو محمد نفسه رئيسًا للبلاد عندما كان الرئيس جوهر في رحلة علاجية بجزيرة ريونيون. وفي عام 1996م، دعا كابي إلى انتخابات رئاسية، ثم سمح بعودة الرئيس جوهر بعد مباحثات استغرقت يومين رعتها منظمة الوحدة الإفريقية، إلا أنه اشترط أن يكون دور الرئيس جوهر شرفيًا. عدل كابي قانون الانتخابات بحيث يجب أن يكون عمر المرشح للرئاسة بين 40 و70 عامًا (كان عمر جوهر ثمانين عامًا آنذاك) .
فاز محمد تاجي عبدالكريم وحزبه الاتحاد الوطني للديمقراطية في جزر القمر في الانتخابات الرئاسية والنيابية التي أجريت في مارس 1996م. أعلن تاجي عن أمله في بقاء القوات الفرنسية في بلاده. حل تاجي البرلمان في أبريل 1996م، وأقيمت انتخابات نيابية في أكتوبر قاطعتها المعارضة وفاز فيها حزب الاتحاد الوطني بمجموع 36 مقعدًا من 43 مقعدًا تمثل مقاعد البرلمان.
وفي عام 1997م، أعلن الانفصاليون في جزيرة أنجوان استقلال جزيرتهم وشكلوا حكومة للجزيرة. ثم تبعهم انفصاليو جزيرة موهيلي الذين أعلنوا استقلالهم أيضًا. وقد ادعى الطرفان أن الحكومة المركزية لم تهتم بالقضايا السياسية أو الاحتياجات الاقتصادية للجزيرة. لم تعترف الحكومة المركزية باستقلال الجزيرتين، وفي أبريل 1999م، أطاح قادة الجيش بالحكومة المنتخبة وأصبح أزالي عثماني رئيسًا للبلاد.