انضم محمد علي جناح إلى العصبة الإسلامية عام 1913م، وكان هذا التنظيم قد تأسس عام 1906م، بهدف حماية مصالح المسلمين حيث شعرت العصبة بأن الهندوس الذين يمثلون أغلبية الشعب الهندي سوف يسيطرون على الهند المستقلة. انضم جناح لهذه العصبة على افتراض أنها سوف تلتزم مثل حزب المؤتمر الهندي بالقتال حتى استقلال الهند، حيث لم يكن يأمل في تحسن وضع المسلمين تحت الحكم البريطاني.
أصبح جناح قائدًا للعصبة الإسلامية خلال ثلاثة أعوام من انضمامه إليها، وذاع صيته، وأصبح يُعرف بسفير الوحدة الهندوسية ـ المسلمة.
تزوج جناح مرة ثانية عام 1918م رتِنْباي ابنة السير داياشو بتيت، وكان زواجًا غير سعيد، وتم الانفصال. اعتمد جناح على أخته فاطمة لمرافقته ومساعدته بقية حياته.
تأثر تقدم جناح السياسي بعد ظهور المهاتما غاندي على المسرح السياسي الهندي، ورفض غاندي وسائل اعتراض جناح القانونية والدستورية؛ فقد كان يُفضل العمل المباشر من خلال عدم التعاون، والمقاطعة والأشكال الأخرى من العصيان المدني. انظر: غاندي، موهنداس كرمشند.
أدى اختلاف الرأي مع أساليب غاندي إلى استقالة جناح من حزب المؤتمر واتحاد الحكم المحلي عام 1910م، واعتمد بدلًا من ذلك على العصبة الإسلامية لتعزيز التزامه بالقانون والنظام والوحدة الهندوسية ـ المسلمة.
ساءت العلاقات بين الهندوس والمسلمين، وحاول جناح استعادة التكاتف بين المجموعتين. رفع جناح برنامجًا يتكون من 14 نقطة لضمان حقوق الأقليات ـ خصوصًا المسلمين ـ داخل نطاق الهيكل الفيدرالي. ولكن اللجنة التي كان يرأسها جواهر لال نهرو رفضت منح المسلمين الامتيازات القليلة المساوية في المجالس التشريعية الإقليمية عام 1928م.