وبعد انسحاب الاتحاد السوفييتي من أفغانستان عام 1989م، توقفت الولايات المتحدة والدول الإسلامية عن دعم أسامة بن لادن فعاد إلى المملكة العربية السعودية، ثم رحل إلى أفغانستان دون موافقة حكومته عام 1991م، وانتقل منها إلى السودان حيث أسس بعض الشركات. وعند اندلاع حرب الخليج عام 1991م، بدأ ابن لادن في مهاجمة المملكة العربية السعودية. أمرت الحكومة السعودية ابن لادن بالعودة إلى المملكة، ولما لم يستجب أسقطت عنه الجنسية عام 1994م، ولم يعد مواطنًا سعوديًا بل"شأنه شأن نفسه". طلبت الحكومة السودانية من ابن لادن مغادرة البلاد، فغادر إلى أفغانستان، وأنشأ عام 1998م الجبهة الإسلامية العالمية التي ضمت تنظيمات القاعدة والجهاد الإسلامي المصرية وجمعية الدارسين الباكستانية وحركة الجهاد البنغلادشية والجماعة المصرية. وللجبهة مجلس شورى تساعده خمس لجان: الدينية والقانونية والمالية والعسكرية والإعلامية. أعلنت الجبهة في العام نفسه الجهاد ضد اليهود والصليبيين، واستباحت دم المواطنين الأمريكيين العسكريين والمدنيين على حد سواء.
اتهمت الولايات المتحدة الأمريكية أسامة بن لادن بالتورط في تفجير السفارتين الأمريكيتين في نيروبي بكينيا ودار السلام بتنزانيا في السابع من أغسطس 1998م، والهجوم على المدمرة كول في ميناء عدن باليمن في 12 أكتوبر 2000م، وتدمير مركز التجارة العالمي في نيويورك بالإضافة إلى تدمير أجزاء من مبنى البنتاجون في واشنطن في 11 سبتمبر 2001م. وقد أدى الهجوم الأخير إلى اندلاع أولى حروب القرن الحادي والعشرين الميلادي، إذ أعلنت الولايات المتحدة في السابع من أكتوبر 2001م، حربًا ضد أفغانستان بحجة محاربة الإرهاب بعد أن رفضت حكومة طالبان الأفغانية تسليم ابن لادن للحكومة الأمريكية لعدم وجود دليل من وجهة نظر طالبان على ضلوعه في الأعمال الإرهابية.