توفيت الملكة اليزابيث عام 1603م، وخلفها على العرش الملك جيمس الأول الذي كان لايثق في رالي ويخشاه. ولذلك فقد وجَّه إليه تهمة الخيانة العظمى، وأودعه السجن في برج لندن. قضى رالي اثنتي عشرة سنة، مع عائلته وخدمه، في راحة تامة داخل سجنه، حيث كتب مؤلفه تاريخ العالم. وأطلق سراحه عام 1616م ليقود بعثة للبحث عن الذهب في أمريكا الجنوبية. وقد أمره الملك بعدم غزو الأراضي الأسبانية، إلا أن رجال رالي هاجموا الأسبان. وقد قتل واط ابن رالي في ذلك الهجوم مما اضطر رالي إلى ترك تلك المغامرة. ولدى عودته إلى إنجلترا حوكم رالي وحكم عليه بالموت لعدم إطاعته للأوامر الملكية. وقد واجه رالي مصيره بكل شجاعة، حتى إنه ـ كما يقال ـ كان يتبادل النكات مع منفذ الحكم، بل إنه أعطى بنفسه الإشارة لتنفيذ الحكم بقطع رأسه بالفأس.