وفي فبراير 1994م، أصدر البرلمان عفوًا عن رتسكوي وبعض معارضي يلتسن. وفي يوليو عام 1996م، أعيد انتخاب يلتسن رئيسًا للبلاد، كما أعيد انتخاب فكتور تشيرنوميردين رئيسًا للوزراء.
في 1991م، طالب جوهر دودايف رئيس حكومة الشيشان، وهي منطقة في الجزء الجنوبي الغربي من البلاد، باستقلال الجمهورية. فأرسلت روسيا قواتها إلى المنطقة بغية إسكات النبرة الاستقلالية. أظهر المقاتلون الشيشان شجاعة نادرة في حربهم ضد القوات الروسية. وبدأت مباحثات للسلام بين الطرفين في منتصف 1995م. قاد الوفد الروسي ألكسندر ليبيد مستشار شؤون الأمن الذي أقصاه يلتسن من منصبه في نهاية 1996م، بينما قاد وفد الشيشان سليم خان باندرباييف الذي خلف دودايف بعد استشهاده. انسحبت القوات الروسية من الشيشان وأجل حسم المسألة الشيشانية إلى ما بعد 31 ديسمبر 2001م.
التطورات الأخيرة. واجهت روسيا عام 1998م صعوبات اقتصادية كبيرة، فحل يلتسن مجلس الوزراء، وألزم البرلمان قبول سيرجي كيرينكوف رئيسًا للوزراء. وفي أغسطس أقصى يلتسن كيرينكوف وحاول إعادة تشيرنوميردين ثانية، إلا أن البرلمان أجبره على تعيين وزير الخارجية يفجيني بريماكوف رئيسًا للوزراء. تدهورت حالة يلتسن الصحية فأناط بيريماكوف معظم أعماله، ولكن عاد يلتسن مرة أخرى لممارسة هوايته، فعزل بريماكوف في مايو 1999م وعين مكانه وزير الشؤون الداخلية سيرجي ستباشن الذي بقي في منصبه إلى شهر أغسطس، حين استبدل به يلتسن رئيس الاستخبارات الداخلية فلاديمير بوتين.