وكان للمسجد في عهد الرسول ³ ثلاثة أبواب ظلت في أماكنها حتى اليوم على الرغم من التوسعات الجديدة. ومازالت هذه الأبواب تعرف بأسمائها، وهي: باب جبريل وسط الجدار الشرقي، وباب النساء في شماله، ويقابله باب الرحمة في الجدار الغربي، ولم يكن المسجد يشتمل على مئذنة؛ إذ كان المؤذن ينادي للصلاة من فوق سطح أحد المنازل العالية المجاورة للمسجد. ومن الجدير بالذكر أن تخطيط المسجد النبوي بالمدينة صار النموذج الذي خططت عليه مساجد الأمصار الإسلامية في المدن الجديدة التي أنشئت عقب الفتوح الإسلامية مثل: مسجد البصرة ومسجد الكوفة ومسجد عمرو بن العاص بالفسطاط، ومسجد عقبة بن نافع بالقيروان.
حظي مسجد الرسول ³ بعناية شديدة من قبل الخلفاء الراشدين وغيرهم من حكام المسلمين، فتوالت يد التوسيع التي كان يتطلبها المسجد من وقت لآخر نظرًا لاتساع رقعة الدولة الإسلامية وازدياد عدد المسلمين. وكان من أهم أعمال التوسيع بمسجد الرسول ³ تلك التي قام بها الوليد بن عبدالملك، 91هـ (709م) حيث روعي في عمارة الوليد أن يتحقق في بناء مسجد الرسول ³ ما تطور إليه فن العمارة الإسلامية حتى ذلك الوقت من تقدم، مع المحافظة على التراث المعماري الذي يرجع إلى العهد النبوي.
ومن الجدير بالذكر أن تخطيط المسجد النبوي قد أُدخلت عليه بعض الإضافات والعناصر المعمارية الجديدة؛ فأصبح يتكون من صحن أوسط وأربعة أروقة تحف به. وصار له أربع مآذن ومحراب مجوف وأعمدة من رخام. ونقلت المداخل القديمة إلى الجدران الجديدة وحوفظ على وضعها في الاتجاهات القديمة التي كانت عليها وقت النبي صلى الله عليه وآله وسلم . أما القبة الخضراء التي تعلو الضريح، فقد أضيفت إلى المسجد في عصر دولة المماليك.