بين الخرائب قريبًا من الكنيسة المرقصية المجاورة لمسجد النبي دانيال والمسافة بينهما 300 متر أي أن القبر هناك قبر الملك والنبي إسكندر وقبر النبي دانيال. وهذا دليل على أن القبر ليس بمسجد النبي دانيال.
ومن الوقائع السالفة نخرج بنتيجة هامة جد وهي أن القبر زال من الوجود منذ القرن الرابع الميلادي.
ثم أن المؤرخين العرب لم يتعرضوا لشيء غير موجود حتى ظهر أخيرًا بعد أحد عشر قرنًا بإسم النبي إسكندر في عصر المماليك. فليس من المعقول أن كان المسجد موجودًا أن يتجاهله القوم أحد عشر قرنًا من الزمان لم يتعرض له في خلالها أي مؤرخ.
في العصر الحديث:
وفي القرن الماضي أدى أحد تراجمة القنصلية الروسية أنه وجد سردابًا تحت مسجد النبي دانيال ومنه شاهد ناووس الملك الزجاجي وحوله قراطيس وكتب من البردي. والظاهر أنه قد قرأ قول أسترابون في وصف المقبرة، حتى أن محمود الفلكي باشا عندما عين المكان وجد أنه مملوء بالحجارة وقطع الرخام علاوة على الرطوبة التي تتلف الكتب (وهذا المكان هو قباب وصهاريج ماء رومانية) ثم أن هناك رأيًا أخر في أن التابوت من مادة رخامية شفافة جدًا وليس بزجاج فكيف أدعى الترجمان بأنه من الزجاج؟ جاء الأستاذ حسن عبد الوهاب وأجرى حفرياته عند ترميم المسجد فوجد صهريج ماء ملاصقًا للإيوان العربي للمسجد وأجرى فيه وفي منطقة حفريات (الصهريج وطابقيه ومسارب مائه الثلاثة) فظهر بأن تلك المنطقة مقامه على مقبرة إسلامية ثم وصل إلى مستوى المدينة القديمة فلم يجد أي دليل على وجود ما ينم عن وجود مباني إغريقية حتى ولا بقايا كنيسة النبي إيليا التي بنيت بالقرن الرابع في نفس المكان. والظاهر بأن هذا الترجمان قد وجد ممرًا ولكنه غير قبر الإسكندر وربما كان إحدى هذه الصهاريج المنتشرة بهذا المكان.
ويتضح بأن قبر الإسكندر موجود بمنطقة السيما ولكنه ليس تحت المسجد لأن المسجد وأساسه وطراز مبانيه إسلامية، وبرغم أن شكل المقبرة والمسجد غريب عن الطراز الإسلامي فالدكتور بريشيا يرجع أصل المسجد إلى تلك الكنيسة الرومانية القديمة، ولذا كانت مؤثرات المسجد المعمارية غريبة عن الفن الإسلامي.