الفتنة والحرب بين الأشقاء. خلف محمد ابنه عيسى، غير أنه لم يلبث أن ضعف حيث أصبح نفوذه اسميًا على جزيرة القمر الكبرى، وعندما توفي عيسى خلفته زوجته مولاية على السلطنة، مما أغضب الزعماء، فانتفضت جزيرة مايوت عليها، واستأثر بأمراء أنجوان زعيم موتسامودو، ففرت الملكة إلى مدينة دوموني، ومات زعيم موتسامودو فخلفته زوجته فاتنة، والثانية في أنجوان وهي مونلانة، وبقي الخلاف قائمًا بين المدينتين حتى أيام الملكة عالمة التي بنت الجامع الكبير في موتسامودو عام 1670م.
الحرب بين مدغشقر وجزر القمر. وخلال الصراع المحتدم بين الجزر، اكتسحت جيوش من جزيرة مدغشقر جزيرة أنجوان وفتكت بأهلها، واستمر ذلك الحكم حتى قام الأمير أحمد حفيد الملكة عالمة وجمع البلاد، وحكم في الفترة 1770-1784م، وفي أيامه أغارت قبائل الساكافالا المدغشقرية على البلاد، فاضطرب حبل الأمن، واستقلت جزيرة مايوت عن أنجوان. وبعد موت الأمير أحمد خلفه الشيخ سالم الذي استمر حكمه حتى عام 1796م، ثم جاء بعده ابنه أحمد، وكان صغير السن، فنازعه عمه علوي إلا أنه فشل وفر إلى زنجبار، ثم أعاد الكَرَّة بعد عامين، وتمكن من خلع ابن اخيه أحمد، وتولى مكانه حتى عام 1820م، وخلفه ابنه عبدالله الذي قاتل أهل مدغشقر، وجاءه أحد المتنازعين على الحكم في مدغشقر فأكرمه، وتمكن عبدالله من احتلال جزيرة مايوت.