بعد وفاة السيد عبدالرحمن المهدي تولى ابنه الصِّدِّيق المهدي زعامة حزب الأمة، ودخل في صراع مع حكم الفريق إبراهيم عبود العسكري. وكان السيد الصِّدِّيق يدعو لعودة الديمقراطية. وساءت العلاقات بين جموع الأنصار والحكم العسكري. وفي ظل ذلك الصراع، توفي السيد الصديق واستمر عبود في الحكم. ولكن بعد فترة من الوقت قام السودان بأجمعه بانتفاضة قوية ضد حكم عبود ووقف الشعب وقفة رجل واحد ضده، فاضطر الفريق إبراهيم عبود إلى إنهاء حكمه العسكري على أن يظل رئيسًا للدولة. ولكن سرعان ما قدم استقالته للحكومة المدنية. انظر: المهدي، السيد عبد الرحمن؛ المهدي، الصادق.
بعد وفاة الصديق المهدي تولى أخوه الهادي زعامة حزب الأمة. وقد بقي كذلك حتى قام العقيد جعفر نميري بانقلاب عسكري مع بعض الضباط في مايو 1969م. وعارض الإمام الهادي ذلك الحكم وقاد تمردًا مدنيًا ضده في الخرطوم انطلق من جزيرة أبا. ولكن الجيش السوداني أمطر الهادي وأنصاره بوابل من القنابل والصواريخ، ثم طورد إلى الحدود الأثيوبية حيث لاقى حتفه. وأصبحت الأزمة واسعة بين حزب الأمة ونظام نميري. وقد خلف الهادي في زعامة الحزب ابن أخيه الصادق بن الصديق المهدي، واستمر التوتر بين الجانبين حتى نهاية حكم نميري.
بعد سقوط حكومة جعفر نميري عام 1986م ولجوئه إلى مصر، تولى الصادق المهدي زعامة الحزب السياسية والروحية، وأصبح رئيسًا للوزراء بعد استقالة المشير عبدالرحمن سوار الذهب، واستمر في ذلك المنصب حتى أطاح به انقلاب العقيد عمر البشير في 30 يونيو 1989م. وظل الصادق المهدي يعارض حكم البشير، كما أن التوتر بينه وبين الحكومة ظل على أشده خاصة بعد خروجه من السودان خفية في 11 ديسمبر 1996م، حيث وصل إلى أسمرة وانضم هناك للمعارضة السودانية في الخارج. وفي نوفمبر 2000م، عاد الصادق إلى الخرطوم وأعلن انسلاخه عن التجمع المعارض، ولكنه ظل يعارض البشير وحكومته. انظر: السودان، تاريخ.