أما الانشقاق الأخير والأكثر خطورة فقد حدث في 23 فبراير 1966م عندما قامت مجموعة من العسكريين بقيادة اللواء صلاح جديد بانقلاب عسكري ضد القيادة القومية في دمشق واعتقلوا أعضاءها. ولم تؤيد قيادة قطر العراق ذلك الانقلاب، مما يفسِّر وجود نظامين سياسيين يحكمان باسم حزب البعث في الوطن العربي أحدهما في دمشق والآخر في بغداد.
وكان لحزب البعث دور فاعل في الحكومات التي طرأت على سوريا بعد الاستقلال عام 1946م. ومنذ مارس 1963م إلى اليوم، كان الدور الأكبر في الحكومات السورية المتعاقبة لحزب البعث وخاصة حكومة صلاح الدين البيطار (1963م) ، أمين الحافظ (1963- 1966م) ، نورالدين الأتاسي (1966 - 1970م) حيث برز في هذه الفترة كل من صلاح جديد الذي عمل أمينًا عامًا للقيادة القطرية وحافظ الأسد الذي عمل وزيرًا للدفاع، ثم أصبح رئيس الجمهورية العربية السورية (1970-2000م) . انظر: البيطار، صلاح الدين؛ الأسد، حافظ.
الحزب السوري القومي الاجتماعي. أسسه أنطوان سعادة الذي كان يدرس اللغة الألمانية في الجامعة الأمريكية ببيروت وذلك في 16 نوفمبر 1932م. وشُكِّل هذا الحزب على أساس إقليمي ليشمل إقليم سوريا الطبيعية الذي كان يوصف بالهلال الخصيب ونجمته هي جزيرة قبرص؛ إذ اعتُبرت الجزيرة جزءًا من ذلك الإقليم.
ركزت مبادئ الحزب على فصل الدين عن الدولة، وإحياء نهضة سوريا وقوميتها لتتبوأ مكانتها بين الأمم كافة وإقامة دولة مستقلة قوية ترعى مصالح مواطنيها، وإنشاء جبهة قومية عربية مع بقية الدول العربية الأخرى.
أقيم الحزب السوري القومي بطريقة سرِّية، فلم تعلم بقيامه سلطات الانتداب الفرنسي إلا في 16 نوفمبر 1935م، حيث اعتُقل رئيسه أنطوان سعادة ووُضع في السجن لعدة أشهر. وفي السجن ألّف كتابه نشوء الأمم.