وفي سنة 1952م قامت الثورة المصرية ودخل اللواء محمد نجيب في مفاوضات مع الأحزاب السودانية للتنسيق بينها، وكون حزب الأشقاء وبقية الأحزاب الاتحادية حزبًا واحدًا هو الحزب الوطني الاتحادي، واختير إسماعيل الأزهري رئيسًا له. بعد ذلك جرت انتخابات حرة في السودان لتقرير مصيره من خلال المؤسسات الديمقراطية والدستورية، فاز فيها الحزب الوطني الاتحادي بقيادة إسماعيل الأزهري سنة 1953م. وعيّن البرلمان أول حكومة وطنية في البلاد، برئاسة الأزهري.
وفي سنة 1954م اتفق إسماعيل الأزهري مع قيادة حزب الأمة على إعلان استقلال السودان التام من داخل البرلمان. وتم ذلك تحت رئاسته في أول يناير 1956م.
في عام 1958م عقدت انتخابات برلمانية جديدة أقصي فيها الأزهري، وفاز ائتلاف بين حزب الشعب الديمقراطي بزعامة السيد علي الميرغني وبين حزب الأمة الذي يرعاه السيد عبدالرحمن المهدي. وتألفت وزارة ائتلافية برئاسة عبدالله خليل سكرتير حزب الأمة. ووجدت هذه الوزارة صعوبات في الحكم، فانتقل الحكم إلى الفريق إبراهيم عبود وأقيم حكم عسكري في نوفمبر 1958م. وعارض الرئيس إسماعيل الأزهري الحكم العسكري فسجن.
وفي سنة 1964م اندلعت ثورة أكتوبر فأطيح بالحكم العسكري، وأجريت انتخابات فاز فيها الحزب الوطني الاتحادي، واختير السيد إسماعيل الأزهري رئيسًا لمجلس السيادة. وظل يتقلد هذا المنصب حتى قيام انقلاب مايو 1969م بقيادة جعفر نميري، الذي أطاح بالحكومة الديمقراطية، وألقي القبض على الأزهري وأرسل إلى السجن، وظل فيه أسابيع قليلة ثم مالبث أن مرض وتوفاه الله وهو في سجنه.
عرف الأزهري بالحنكة السياسية التي تمثلت في إنجاح مؤتمر القمة العربي بعد حرب 1967م.
ألّف الأزهري كتابًا بعنوان: الطريق إلى البرلمان، طبع مرتين.