سُكنت الجزر الأيونية لأول مرة في العصر الحجري قبل 10,000ق.م. وقد برزت أسماء الجزر بوضوح في الأوديسة، وهي ملحمة شعرية قديمة تُنسب للشاعر اليوناني هومر. وطبقًا لهذه الملحمة، كانت إيثاكا، وهي إحدى الجزر الأيونية الصغرى، موطن أوديسيوس، بطل الملحمة. ولقد أدت هذه الجزر دورًا نشطًا في الحياة الاجتماعية والسياسية لليونان القديمة. وفي القرن الثالث قبل الميلاد وقعت تحت الحكم الروماني. وفي عام 395م، أصبحت جزءًا من الإمبراطورية البيزنطية. وابتداء من القرن الرابع عشر، وقعت هذه الجزر تدريجيًا تحت سيطرة البندقية. وقد ظلت الجزر الأيونية جزءًا مهمًا من إمبراطورية البندقية الاستعمارية حتى سقوط جمهورية البندقية عام 1797م. وعندها بدأت فرنسا حكمها لهذه الجزر.
ولكن بريطانيا استولت على الجزر عام 1815م. وقد بنى البريطانيون الطرق وحسنوا النظام التعليمي. وانتهى الحكم البريطاني عام 1864م وأصبحت الجزر جزءًا من اليونان.
يُعد نقص الوظائف مشكلة رئيسية في الجزر. وعلى مدى السنين نزح أناس كثيرون من الجزر للبحث عن أعمال ووظائف في البلدان الأخرى، وخصوصًا في إيطاليا والولايات المتحدة وألمانيا. ومنذ 1926م، نقص عدد السكان بمقدار مائة ألف نسمة.