وبعد قتل الخليفة المستعصم قام سلاطين المسلمين في ذلك الوقت في مصر واليمن وتعاون الجميع على إعادة بناء المسجد النبوي دون الزيادة فيه، وانتهت هذه العمارة في عهد الظاهر بيبرس وعلى يده إذ أبدى اهتمامًا عظيمًا بإتمامها وأمر في سنة 729 هـ.

بزيادة رواقين في السقف القبلي حتى اتصلا بمؤخره.

وفي عام 853هـ. جدد الظاهر جقمقم سقف الحجرة الشريفة وما احتاج إلى التجديد من سقف المسجد النبوي، وهذا يعني أن أولئك السلاطين ما كانوا يتعرضون لهدم شيء أو بنائه من المسجد النبوي إلا إذا احتاج إلى ذلك.

وفي سنة 879 هـ. ظهر خلل في بعض السقف والجدران فهب السلطان الأشرف قايتباي فرمم ذلك وأنقه بروح تبدو فيها التقوى والرغبة في الثواب من الله.

وفي عام 974 هـ. قام الملك الناصر سليمان بتجديد جدار المسجد وبتجديد المنارة الشرقية.

وذلك بعد بناء الأشرف قايتباي بعد الحريق الثاني بأقل من قرن حيث كان الحريق الثاني للمسجد النبوي عام 886 هـ.

حيث وقعت صاعقة على المنارة الرئيسة مما تسبب في حريق المسجد ولم يستطيع أهل المدينة مكافحة هذا الحريق مما اضطر الناس إلى الهروب من المسجد النبوي بعد أن مات أفراد منهم نائب خازن الحرم، وبفضل الله سلمت الحجرة الشريفة فأمر الأشرف قايتباي بالمبادرة بتنظيف المسجد النبوي من آثار الحريق، وبعث بأكثر من