المجلس الأعلى. هو السلطة العليا للمجلس. ويتكون من رؤساء الدول الأعضاء. ويتبعه في ذلك هيئة تسوية المنازعات، ويتم تشكيل الهيئة من قِبل المجلس الأعلى لكل دولة على حدة حسب طبيعة الخلاف. ومن مهام المجلس الأعلى إقرار السياسات والأنظمة والقوانين في المجالات السياسية والاقتصادية والاجتماعية المعروضة عليه، ويجتمع المجلس مرة واحدة كل عام في إحدى عواصم المجلس الست.
المجلس الوزاري يتكون من وزراء الخارجية أو من ينوب عنهم. ويتولى اقتراح السياسات ورفع التوصيات والمشاريع التي تهدف إلى تطوير التعاون والتنسيق بين الدول الأعضاء في مختلف المجالات، واتخاذ ما يلزم بشأنها من قرارات وتوصيات، مع تقديم التوصيات للوزراء المختصين لرسم السياسات الكفيلة بوضع قرارات مجلس التعاون موضع التنفيذ. ويجتمع المجلس الوزاري مرة واحدة كل ثلاثة أشهر على الأقل.
الأمانة العامة. تتولى إعداد المشاريع والدراسات والخطط الخاصة بالتعاون والتنسيق للعمل المشترك بين دول المجلس، بما في ذلك إعداد التقارير الدورية ومتابعة تنفيذ القرارات والتوصيات الصادرة من اللجان الوزارية، أو المجلس الوزاري والمجلس الأعلى. وتضم الأمانة العامة في جهازها ستة قطاعات رئيسية في المجالات السياسية والعسكرية والأمنية والإعلامية والقانونية والاقتصادية والثقافية والاجتماعية والمالية والإدارية ومركز المعلومات.
وقد تعاقب على منصب الأمين العام للمجلس الشخصيات الآتية:
1-عبدالله يعقوب بشارة (كويتي) 1981-1993م
2-فاهم بن سلطان القاسمي (إماراتي) 1993- 1996م
3-جميل إبراهيم الحجيلان (سعودي) 1996م -
المنظمات والهيئات التربوية والثقافية والإعلامية المشتركة