المستقلة.كما أن جماعات دينية صغيرة متطرفة ذهبت إلى أن اللوثريين والكالفانيين لم يذهبوا إلى الحد اللازم لإصلاح الكنيسة، ومن ثم كون بعض هؤلاء،كالمعمدانيين والكويكرز والمانونيتيين كنائس خاصة بهم.
حركة الإصلاح المضاد. أحدثت حركة البروتستانت رد فعل داخل الكنيسة الكاثوليكية. فعقد مجمع ترنت مرات عديدة (1545 - 1563م) ، للبحث في مقاومة البروتستانتية. وجاءت قراراته مؤكدة لسلطة الكنيسة المساوية لسلطة الإنجيل. كما ظهرت حركات مضادة للبروتستانتية داعية إلى إصلاح الكاثوليكية من الداخل، كطائفة اليسوعيين التي أسسها أغناطيوس لويولا عام 1534م. كما شهد القرن السابع عشر الميلادي حروبًا دينية طاحنة بين البروتستانت والكاثوليك، من أشهرها ماعرف بحروب الثلاثين عامًا التي لم تضع أوزارها إلا عام 1648م.
ظهرت خلال القرنين الثامن عشر والتاسع عشر الميلاديين عدة تحديات للنصرانية من أهمها:
الحركة العقلانية وحركة دعاة التقوى. دعت الحركة العقلانية إلى الاعتقاد بعالم منظم يمكن تفسيره بالعقل والمبادئ العلمية. وقد دعا أصحاب هذه الحركة كل المذاهب إلى الاتفاق على أفكار أساسية تتمثل في الإيمان بإله عالم حكيم، والإيمان بوجود الروح، وبحتمية الجزاء والعقاب في الحياة الآخرة. ولكنهم رفضوا الإنجيل والكنيسة مصدرين للحقيقة. وفي مقابل هؤلاء العقلانيين ظهر جون ويزلي وأتباعه، الذين دعوا إلى التركيز على التجربة الدينية بدلًا من اللجوء إلى العقل وتفسيراته. وعدوا الإيمان الصادق أهم من شعائر العبادة. انفصل هؤلاء عن كنيسة إنجلترا في نهاية القرن الثامن عشر الميلادي وعرفوا بالميثوديست.