وكثيرًا ما نجد الإشارة إلى مخطوطة مجهولة في ثنايا هوامش الكتاب، ففي صفحة 291 (ع2 هـ3) نجد قوله في"المخطوطة:"من أن أقول لعا"ولا ندري على أي مخطوطة تدل هذه الإشارة ، أهي مخطوطة عناني أم مخطوطة عارف حكمت أم مخطوطة دار الكتب أم غير ذلك ."

وكذلك في هـ1 من ع1 ص 292 إذ يقول:"في المخطوطة"من آل عبد منات"، ولا ندري أي مخطوطة يعني ."

والأمر نفسه يحدث في ص 293 ( ع1 هـ2 ) إذ نجد هذه الإشارة:"في المخطوطة: وذابة".

... والغريب أنه ينقل أحيانًا زيادات هذه المخطوطة في الهامش بدلًا من أن يضعها في صلب الكتاب ما دام قد اعتمدها أصلًا ، مثل قوله في 5/1864- 1865 تعليقًا على شطر الأعشى:

"وأصاب غزوك أمة فأزالها"

فقد جاء في الهامش2من ع3:"صدره: ولقد جررت لك الغني ذا فاقة"، وبعده في المخطوطة زيادة: الأمة: المُلك ، والأمة: أتباع الأنبياء، والأمة: الرجل الصالح .. إلخ"."

وقد بلغت هذه الزيادة ستة أسطر في الهامش ، وهذا يدل على أن المحقق قد اقتصر على المطبوعة وجعلها أصلًا يُراجعه على المخطوطات ، مع أن المتوقع أن تكون المطبوعة نسخة أخرى تُراجَع عليها المخطوطة المعتمدة للنشر كما هو الحال لدى المحققين .

ويتبادر إلى الذهن أننا هنا بإزاء مخطوطة واحدة يرجع إليها المحقق عند التصحيح والمقابلة ، وقد يظن القارئ أن هذه هي طريقته في الإشارة إلى المخطوطة المعتمدة لديه وهي مخطوطة القاضي البصري التي أسماها المحقق"مخطوطة عناني"، ولكننا ما نلبث أن نجد في هوامش الصحاح إشارات إلى هذه المخطوطة بعينها وإلى مخطوطة دار الكتب أو مخطوطة المدينة، ففي 1/39 ع2 هـ3 نجد الإشارات الآتية:"ليست في المطبوعة ولكنها في مخطوطة المدينة".

وفي 1/45 ذكر الجوهري بيتًا نسبه إلى الطرماح ووضعه المحقق بين معقوفين وقال في الهامش رقم 4 من ع2:"هذه الزيادة في نسخة المدينة ، ونسخة العناني".