ومضى طه حسين يحاضر الطلاب في اللغة العربية عن الشعر الجاهلي، ولم يلبث في سنة 1926 م أن نشر كتابه:"في الشعر الجاهلي"ألفه على ضوء منهج الفيلسوف الفرنسي ديكارت في البحث العلمي القائم على الشك حتى يصل إلى اليقين على أسس قويمة، وبهذا المنهج عدَّ الأحكام الأدبية التاريخية عند الأسلاف أحكامًا إضافية يمكن لباحث معاصر أن يعيد النظر فيها وأن يثبت بجانب أحكامهم أحكامًا أدق وأصدق، وانتهى في دراسته للشعر الجاهلي إلى أن كثرته منتحلة موضوعة في العصور الإسلامية. ودعا إلى حرية الفكر في البحث الأدبي وعدم التقيد فيه بمذهب أو عقيدة. وأثار الكتاب عاصفة عنيفة من النقد في الأوساط الأدبية والدينية، وخاصة عند مصطفى صادق الرافعي وعلماء الأزهر لشكه الواسع في الشعر الجاهلي وتعرضه فيه لمسائل تمس الدين واتهمه بعض الكتاب بالإلحاد وقدم إلى النيابة العامة لمحاكمته، وبرأته من تهمة الإلحاد.