في العهد الفاطمي. تم تجديد قبة الصخرة عام 413هـ لحفظها من آثار التعرية الجوية، وتوالت التجديدات في عهدهم، لتشمل الحرم القدسي المبارك بكامله.
في عهد المماليك. استمر المماليك في الحكم قرابة ثلاثة قرون، قضوا جانبًا منها في القضاء على ما تبقى من الصليبيين. استسلمت في عهدهم باقي الإمارات الصليبية عام 690هـ، 1291م كما تمكّن المماليك من صدّ الغزو المغولي عن العالم الإسلامي، وإنقاذ المسجد الأقصى من الوقوع في براثنهم مرة أخرى. انظر: عين جالوت، موقعة. كما تمت في عهدهم عدة تجديدات لعمارة المسجد الأقصى. تحمل النقوش المحفورة على جدران المسجد أسماء الخلفاء والأمراء والملوك الذين تطوعوا في كل مناسبة بالحفاظ على هذا الأثر الإسلامي الخالد.
إصلاحات صلاح الدين. بمجرد أن تسلم صلاح الدين الأيوبي مدينة القدس، وبعد أن طهرها من الصليبيين، عقب احتلال دام 88 عامًا، عمل على إزالة التشوهات التي لحقت بالآثار الإسلامية، فطهر قبة الصخرة من التماثيل والهياكل التي وضعت فوقها، وأزال الجدار الذي وضعه الصليبيون على محراب المسجد الأقصى، وأمر بتجديده، ونقل إلى المسجد الأقصى المنبر الذي أعده نور الدين زنكي لهذا اليوم، والذي صنع بمدينة حلب. كما ملأ المسجد والحرم القدسي الشريف بنسخ من القرآن الكريم مايزال بعضها محفوظًا إلى الآن. وكذلك شيد العديد من المدارس الإسلامية. انظر: حطين، موقعة.
في عهد الأتراك العثمانيين. أولى الأتراك العثمانيون المسجد الأقصى عنايتهم فأقاموا عددًا من العمارات الإسلامية، وأقيمت التّكيّة العثمانية 960هـ، 1552م. وتمت توسعة المسجد ليصل إلى 80م طولًا و55م عرضًا. وأضيف عدد من الأعمدة الرخامية ليصل عددها إلى 53 عمودًا رخاميًّا و49 سارية.