استسلمت بعد ذلك مدينة بابل، وتبعتها مدن أخرى، واستولى على مافيها من ذهب وفضة، وقتل كثيرًا من سكان هذه المدن أو باعهم رقيقًا، كما أحرق مدينة برسيبوليس انتقامًا من الفرس الذين أحرقوا مدينة أثينا سنة 480ق.م. ولما بلغ الجيش الإغريقي هذه المرحلة من الحرب، فقد الجنود شهيتهم لمواصلة القتال، وأرادوا أن يعودوا إلى أوطانهم.
عبر الإسكندر جبال زاغروس ودخل ميديا عام 330ق.م، وكان داريوس الثالث قد هرب إلى تلك الجهات. وقتله بعض نبلائه بعد ذلك بقليل، ووجد الإسكندر نفسه ملكًا على آسيا. ولم يصادف بعد ذلك حربًا قوية. فعين بعض نبلاء إيران حكامًا محليين على المناطق والأقاليم المختلفة التي فتحها.
ثم جند الإسكندر بعض الإيرانيين في جيشه، وتقدم نحو الأراضي الهندية فلما وصل الصغد تزوج روكسانا ابنة أحد النبلاء الصغديين هناك.
وفي الصغد، خرج الإسكندر عن طوره وقتل أحد أصدقائه المقربين، المدعو كليتسْ، في مشاجرة لعبت فيها الخمر برأسيهما. فغضب منه جنوده المقدونيون وحاولوا اغتياله. فما كان منه إلا أن أعدم عددًا من رجاله البارزين من إغريق ومقدونيين.
الانتصار في الهند. ألحق الإسكندر عددًا من الجنود الإيرانيين بجنوده، وزحف بهذا الجيش نحو الهند، حتى وصل إلى سهولها الغنية سنة 326ق.م. وكان يريد أن يتقدم في الأراضي الهندية لولا أن تمرد عليه جيشه. وكانت هناك عدة مؤامرات تستهدف حياته إلا أنه نجا منها.
ثم انشغل الإسكندر بعد ذلك بتنظيم البلاد التي فتحها وبإدارتها، وكان أقصى ما وصلت إليه أملاكه من البلاد التي فتحها امتدادها من البحر الأيوني إلى شمالي الهند. وكان يريد أن يجعل من آسيا وأوروبا قطرًا واحدًا، وأن يجمع أحسن مافي الشرق مع مافي الغرب. واختار بابل عاصمة له.