السودان جمهورية رئاسية ينتخب فيها الرئيس مباشرة بوساطة الشعب لفترة خمس سنوات، ولايجوز إعادة انتخابه لأكثر من ولاية واحدة فقط. ويعين الرئيس شاغلي المناصب الوزارية والاتحادية والمناصب الدستورية الولائية وفق الدستور والقانون لتصريف شؤون الحكم بالبلاد. وللرئيس نائبان؛ أول وثان. ويجوز للرئيس أن يوزع اختصاصاته بتفويض مستشارين أو مساعدين برئاسة الجمهورية للقيام بها. ويتولى سلطة التشريع الاتحادي المجلس الوطني ـ الذي يُنتخب لفترة أربع سنوات ـ ورئيس الجمهورية حسبما يحدد الدستور. ويشكل المجلس بالانتخاب على النحو الآتي: أ- 275 عضوًا بالانتخاب المباشر من الدوائر الجغرافية المقسمة بتمثيل عادل للسكان في البلاد. ب- 125 عضوًا بالانتخاب من المؤتمر الوطني بتمثيل متوازن لقوى الشعب وأنواعه وأقاليمه. جـ- الوزراء الحاملون لحقائب وزارية بحكم مناصبهم.
ويعين رئيس الجمهورية رئيس القضاء وسائر القضاة وفق القانون. والهيئة القضائية مسؤولة أمام رئيس الجمهورية، إلا أن القضاة مستقلون في أداء واجباتهم، ولهم الولاية القضائية الكاملة في اختصاصهم.
ويرشح الرئيس ثلاثة أشخاص لكل ولاية، من الولايات الست والعشرين، لتولي منصب الوالي، ويختار مجلس الولاية بالاقتراع السري أحد المرشحين الثلاثة. ويعتمد الرئيس المرشح الفائز واليًا لمدة أربع سنوات، ويجوز ترشيح الوالي لتجديد ولايته مرة واحدة فقط. ويعين الرئيس وزراء الولايات والمحافظين بعد التشاور مع الوالي المختص.