وفي عام 1969م وقع انقلاب العقيد جعفر محمد نميري 1969 - 1985م واستمر حكمه ستة عشر عامًا. شهدت البلاد ثانية أكبر انتفاضة شعبية أطاحت بنظام نميري في أبريل 1985م. وقامت حكومة انتقالية برئاسة المشير عبد الرحمن سوار الذهب 1985 - 1986م وأقيمت انتخابات عامة أتت بحكومة رئيس وزرائها الصادق المهدي وأحمد الميرغني رئيسًا للدولة 1986 - 1989م. أطاح انقلاب عسكري قادَهُ الرئيس عمر حسن البشير بحكومة الصادق المهدي في 30 يونيو 1989م، وأصبح رئيسًا لمجلس قيادة ثورة الإنقاذ الوطني ورئيسًا للوزراء. وفي 16 أكتوبر 1993م، تم حل مجلس قيادة ثورة الإنقاذ الوطني وانتقل أعضاؤه إلى مواقع تنفيذية أخرى وأصبح البشير رئيسًا للجمهورية. اتبعت الحكومة النظام الاتحادي (الفيدرالي) الذي وزع السلطة على البلاد. وفي أبريل 1996م، فاز البشير في الانتخابات الرئاسية في غياب المعارضة السودانية. سخرت الحكومة السودانية كافة إمكاناتها لحل مشكلة الجنوب، فعلى الأرض قلصت من وجود المعارض المسلحة بقيادة الجيش الشعبي لتحرير السودان. ثم وقعت اتفاقية سلام"اتفاقية الخرطوم"مع قادة سبعة فصائل متمردة في 21 أبريل 1997م، تنصل منها في بداية عام 1998م كاربينو كوانجين بول رئيس الحركة الشعبية لتحرير السودان المنشق من جون قرنق الذي رفض الاتفاقية جملة وتفصيلًا.