تبدأ التشوهات الولادية مع تكوُّن القلب في الأسابيع الأولى للحمل. ويتحصل الجنين على كل الأكسجين والمواد الغذائية عن طريق جسم الأم. فالدم يضخ الأكسجين والغذاء لجسم الجنين ومن ثم للجانب الأيمن من قلبه. ولكن الدم لا يدخل رئة الجنين لأنها لا تستطيع أن تمده بالأكسجين، بل يمر من الشريان الرئوي للأبهر عن طريق ممر يسمى القناة الشريانية. وتبدأ الرئة عملها مع الولادة، حيث تنغلق القناة ويبدأ الدم في الجريان للرئتين. ومعظم التشوهات الولادية في القلب تكون عادة نتيجة لفتحات شاذة في القلب أو أجزاء ضيقة تعيق جريان الدم. وقد تحدث التشوهات أصواتًا غير عادية تسمى لغط القلب أوخرير القلب. انظر: لغط القلب. ولا يعلم الأطباء كل الأسباب التي تؤدي إلى التشوهات الولادية في القلب، ولكن يمكن تصحيح معظم التشوهات عن طريق العمليات الجراحية. وستتناول هذه المقالة أكثر هذه التشوهات شيوعًا.
الفتحات الشاذة في القلب. من أشد التشوهات القلبية الولادية، التشوهات الحاجزية، وهي ثقوب في الحاجز. وإذا كان الثقب بين الأذينين يسمى العيب الحاجزي الأذيني، وإذا كان بين البطينين يسمى العيب الحاجزي البطيني. ويدع الثقب مجالًا للدم ليعبر من يسار القلب إلى يمينه. وإذا جرى هذا الدم المؤكسد للرئة مرة أخرى فإن ذلك يسبب احتقانًا في الرئة. ويمكن للجراحين معالجة العيب في الحاجزي الأذيني والعيب الحاجزي البطيني. ويعتبر العيب في الحاجز البطيني أكثر خطورة من العيب في الحاجز الأذيني بسبب الضغط العالي جدًا في البطين الشمالي. وبعض أنواع العيب الحاجزي الأذيني لا تظهر أو تعرف إلا في مرحلة متقدمة جدًا من العمر، عندما يزيد ضغط الدم. وإذا لم يتم تصحيح العيب الحاجزي البطيني قبل أن يبلغ الطفل عامه الثاني فقد تتأثر الرئتان محدثة بذلك العجز الدائم والموت المفاجئ.