وتساعد السدود والحواجز المقامة على نهر المسيسيبي على توفير الحماية من خطر فيضاناته. ولقد أقيمت سلسلة من السدود على كل من فرعي النهر: ميسوري وأوهايو للتحكم في كميات المياه التي يصبها كل منهما في المسيسيبي. كما بُني سد على المسيسيبي نفسه شمالي سانت لويس. ورُفعت الحواجز الطبيعية القائمة على امتداد مجرى النهر السفلي، كما بُنيت حواجز جديدة لحجز مياه الفيضان. وتعميق مجرى النهر لا يزيد كميات الماء فحسب، ولكنه يُسهل الملاحة فيه أيضًا. وبالإضافة إلى ذلك فالأراضي التي تُسمّى طرق الفيضان تصير مصارف تُخرج المياه بعيدًا عن مجرى النهر عندما يرتفع منسوب النهر ويصل إلى درجة الفيضان.
يعيش في نهر المسيسيبي وواديه أنواع كثيرة من الحيوان والنبات، ففي مياهه الصافية بأعاليه تعيش أنواع من أسماك المياه العذبة. أما في أسافله، حيث المياه العكرة، فتعيش أنواع أخرى مختلفة من الأسماك. وأكثر الحيوانات وجودًا في وادي المسيسيبي حيوان المنك، وجرذ المسك وثعلب الماء والظربان. وتعيش أنواع من القوارض الكبيرة المسماة حيوان الكيب في مستنقعات الدلتا وبين أعشابها. انظر: الكيب، حيوان. هذه المنطقة مَشْتَى تبني فيه بعض الطيور كالبط والأوز والطيور المهاجرة الأخرى أعشاشها. يسكن هذه المنطقة طوال العام من الطير، البجع والبلشون والبلشون الأبيض.
تنمو في أعالي وادي المسيسيبي غابات من أشجار الخشب الصلب، مثل الجوزية والقيقب والبلوط. أما غابات جنوبي كايرو، فتتألف أساسًا من شجر السرو الأجرد والصمغ وبلوط الجنوب والطوبال. يهدد التلوث الحياة البرية في المسيسيبي، فالأسمدة والمبيدات التي تُستعمل في المزارع تنجرف إلى النهر، والمصانع تُلقي بفضلاتها في مياهه. ومنذ أوائل السبعينيات من القرن العشرين اتُخذت خطوات لمنع تلوث النهر. ومنها القوانين التي تمنع المزارعين من استعمال مبيدات معينة ومواد كيميائية أخرى ضارة.