في 1960م، تولى فيلاسكو الرئاسة فترة أخرى، لكنه أُجبر على التخلي عن منصبه بعد محاولته فرض ضرائب جديدة. وحل محله نائب الرئيس كارلوس خوليو أروسمينا مونروي. وفي عام 1963م أطاحت القوات المسلحة بأروسمينا، وعلقت الدستور. وقال العسكريون إنهم قاموا بذلك لمنع استيلاء الشيوعيين على الحكم، وبدأ مجلس هونتا عسكري بالقيام بإصلاح زراعي وضريبي، لكن أفراد الشعب طالبوا بإنهاء الحكم العسكري.
في عام 1966م، اختار القادة العسكريون كلمنتي يروفي إندابورو رئيس جمهورية مدنيًا مؤقتًا. وقام يروفي بعقد مؤتمر دستوري وضع دستورًا جديدًا. واختار أوتو أروسمينا غوميز ليتولى منصب الرئاسة إلى أن يتم عقد انتخابات. وانتخب فيلاسكو رئيسًا للجمهورية مرة أخرى عام 1968م. في عام 1970م علق فيلاسكو دستور الإكوادور، وأخذ يحكم حكمًا استبداديًا. وقام القادة العسكريون بالإطاحة به عام 1972م. واستولى على السلطة الجنرال غويليريمو رودريغويز لارا وبدأ يحكم كطاغية. وفي 1976م أزاح قادة الجيش والقوات البحرية والجوية لارا من السلطة وسيطروا على الحكومة.