وتغطي منطقة السدود ـ وهي منطقة مستنقعات مثلثة الشكل تزيد مساحتها على 8,000كم² مساحة كبيرة من مجاري الأنهار في جنوبي السودان مما يعرقل حركة الملاحة النهرية، ويساعد على انتشار الحشرات الناقلة للأمراض؛ ثم يخرج النهر من منطقة السدود ليلتقي بنهر السوباط، وهو الرافد الوحيد للنيل الاستوائي الذي ينحدر من جنوب الهضبة الأثيوبية. ويقال لولا نهرالسوباط لما تمكن النيل الأبيض من حفر مجراه إلى الخرطوم؛ ذلك لأن مياه بحر الجبل قليلة وبطيئة لقلة الانحدار. ويعوض السوباط كل المياه التي يفقدها النيل الأبيض في منطقة السدود وهي 1,3 مليار م§ في السنة. ويتجه النهر بعد التقائه بالسوباط شمالًا، حيث يُعرف بالنيل الأبيض، وينحدر النيل الأزرق وروافده بقوة من الهضبة الأثيوبية حاملًا معه مياه الفيضان الوفيرة والطمي الذي يحدد خصوبة الوادي سنويًا.
نهر النيل وجسر يربط مدينة الخرطوم بحري بمدينة أم درمان.