خلال الحملة الصليبية الرابعة وخلال فترة استيلاء الأتراك العثمانيين على القسطنطينية عام 1453م، التي استمرت حتى القرن التاسع عشر، عُدَّ بطريرك القسطنطينية الأسقف الأكبر لكل الأورثوذكس. وخلال القرن العشرين بدأ تقارب بين الكنيستين، ففي عام 1964م عقد البطريرك أثينو غراس الأول اجتماعًا تاريخيًا مع البابا بول السادس في القدس، وكان أول اجتماع يُعقد بين بطريرك القسطنطينية والبابا منذ عام 1439م. وفي عام 1965م رفع كل من القائدين الدينيين الطرد واللعنة التاريخية عن الآخر.
التنظيم. تتكون الكنائس الأورثوذكسية الشرقية من عدد من الكنائس لبعضها مكانة تشريعية خاصة، وهي على الترتيب كنائس القسطنطينية (تركيا) ، الإسكندرية (مصر) ، أنطاكية (سوريا) ، القدس. كما أن هناك بعض الكنائس التي تتمتع بالاستقلال، وهي وفقًا لحجمها كما يلي: كنائس روسيا، رومانيا، صربيا، اليونان، بلغاريا، جورجيا، قبرص، تشيكيا، سلوفاكيا، بولندا، ألبانيا، فنلندا، سيناء (مصر) . كما أن هناك كنائس أرثوذكسية في غربي أوروبا وأمريكا الشمالية ووسط إفريقيا، والشرق الأقصى ليس لها سلطة الحكم الذاتي. وقد أسسها منصرون أو مستوطنون من الدول التي تتبع الكنيسة الأورثوذكسية الشرقية. وتُعلي الكنائس الشرقية من مكانة بطريرك القسطنطينية الذي يُسمى البطريرك المسكوني.
رجال الدين. في الكنيسة الأُورثوذكسية ثلاث مراتب: المطارنة أو الأساقفة، والكهنة، والقساوسة الشمامسة إضافة إلى مرتبتين فرعيتين: الشماس المساعد والقارئ. والشماس ومساعد الشماس والقارئ يساعدون القس أثناء أداء الوظائف الدينية والحياة الروحية. وإدارة الكنيسة مسؤولية مشتركة بين رجال الدين والعامة الذين يشاركون أيضًا في انتخاب رجال الدين.