التنظيم. يمارس المستقلون نظامًا مستقلًا لإدارة الكنيسة، فكل تجمع محلي هو كنيسة، تُدير شؤونها وتعيّن كهنتها أو مفوضيها وتقسم المجموعات نفسها إلى روابط أو اتحادات على نطاق المقاطعة أو النطاق القومي.
ويمارس المنهجيون نظام الكنيسة المشيخية. ويعتقد الأعضاء أن جميع فرق كنيستهم في أنحاء البلاد هي مصدر السلطة وأنها خاضعة للروح القدس. وتُعرف المناطق المحلية لإدارة الكنيسة بالأحياء أو الدوائر.
ويُعقد اجتماع جمعية أو مؤتمر في معظم الكنائس الحرة مرة كل عام. ويمثل أعضاء الكنيسة ويرأسها رئيس معين، أو رئيس مجلس إدارة. أو منسق. ويعاونه سكرتير قومي، وموظفون آخرون معيَّنون. ويرأس الكنيسة متطوعون يُعرفون، بالشمامسة والخدام.
الطقوس. تتكون الخدمات في الكنائس الحرة من قراءات من الإنجيل، كما تشمل الصلوات، والترانيم، والوعظ. وتقوم معظم الكنائس الحرة بمراعاة الطقوس الدينية بشكل بسيط وطبقًا للكتاب المقدس. كما يقوم المعمدانيون وأتباع الكنائس الحرة الأخرى بتعميد الكبار.
ومنذ التسعينيات من القرن الثامن عشر الميلادي قادت الكنائس الحرة العمل التنصيري في أنحاء العالم. وكثير من هذه الكنائس يعارض القمار وشرب الخمور. وتعمل الكنائس الحرة معًا من خلال المجلس الفيدرالي للكنيسة الحرة، وتتعاون مع كنائس أخرى في بريطانيا وأيرلندا من خلال المجلس البريطاني للكنائس.
وفي عام 1972م انضمت الكنيسة المشيخية في إنجلترا مع الكنيسة المستقلة في إنجلترا وويلز لتكون كنيسة الإصلاح المتحدة. ولم يقبل بعض أتباع الكنيسة المستقلة الاتحاد، واستمروا في العبادة المنفصلة.