البنية. الإنزيمات دقيقة جدا ولايمكن رؤيتها حتى باستعمال أقوى المجاهير الضوئية، إلا أن العلماء يعرفون عن طريق أساليب بحث عديدة أن الإنزيمات توجد بأشكال وأحجام عديدة. ومع أن لإنزيمات النباتات والحيوانات المختلفة بُنَى بروتينية عديدة إلا أنها تعمل بنفس الطريقة. وتمكّن بنية أي إنزيم ذلك الإنزيم من إحداث تفاعل كيميائي معين في الجزيئات الأخرى. ويمكن تدمير بنية أي إنزيم بالحرارة أو الأمينية أو بالقلويات. فعلى سبيل المثال، يعتقد العلماء أن حرارة الجسم المرتفعة عند الإنسان (42°م) قد تؤدي إلى الموت، لأن الحرارة تبطل عمل الإنزيمات الحيوية. وتعمل الكثير من السموم القاتلة عملها عن طريق إتلاف إنزيمات مهمة. وقد تُحدث الأمراض الوراثية عند الأشخاص الذين يولدون وعندهم نقص في إنزيمات معينة، وتشمل هذه الأمراض اعتلالات تصيب الدماغ مثل الغلاكتوسيميا (وجود سكر اللبن في الدم) ومرض البيلة الفنيلية الكيتونية المعروف اختصارًا بـ PKU. وفي كثير من الحالات، يمكن أن تكشف الفحوص عن قصور الإنزيمات. ويعالج الأطباء هذه الحالات في بعض الأحيان عن طريق وضع نظام تغذية واستعمال العقاقير لمنع التشوهات والإعاقات العقلية.
ومع أن الإنزيمات هي بروتينات، إلا أن بعضها يجب أن يرتبط بجزيئات غير بروتينية لتتمكن من أداء عملها. وكثير من هذه الجزيئات غير البروتينية هي معادن مثل النحاس أو الحديد أو المغنسيوم، وهي توجد كعناصر استشفافية بكميات ضئيلة ضرورية للتفاعل، والأخرى هي مركبات عضوية تُسمى الإنزيمات المساعدة. وإذا ارتبط إنزيم مساعد فإن الوحدة تسمى مجموعة. ولايمكن للإنزيم المساعد، ولا للجزء البروتيني لمجموعة أن يعمل منفردا.