وأعلى البصلة مباشرة يوجد الجسر، وهو يصل بين نصفي المخيخ، كما يحتوي أيضًا على ألياف عصبية تربط المخ بالمخيخ، ويقع أعلى الجسر الدماغ الأوسط، الذي يشتمل على مراكز عصبية تساعد على التحكم في حركة العينين وحجم الحدقتين.
جذع الدماغ تركيب أصبعي الشكل يربط المخ بالحبل الشوكي. يبين الرسم الأكبر مقطعًا لجذع الدماغ والغدة النخامية القريبة منه.
يقع المهاد وتحت المهاد - والأخير يسمى الوطاء أيضًا- في الجزء العلوي من جذع الدماغ. وهناك في الواقع مهادان، مهاد على الجانب الأيسر لجذع الدماغ، وآخر على الجانب الأيمن. ويستقبل كل مهاد دفعات عصبية من الأجزاء المختلفة للجسم، ثم يرسلها إلى المناطق الملائمة في القشرة المخية، كما يقوم بنقل الدفعات من أحد أجزاء الدماغ إلى الأجزاء الأخرى فيه. وينظم تحت المهاد درجة حرارة الجسم والشعور بالجوع والأحوال الداخلية الأخرى، ويتحكم في نشاط الغدة النخامية المجاورة. انظر: تحت المهاد؛ الغدة النخامية.
وتوجد شبكة من الألياف العصبية تسمى التكوين الشبكي في عمق جذع الدماغ. ويحافظ التكوين الشبكي على مستوى وعي الدماغ، وينظمه، حيث تنبه إشارات حسية تمر عبر جذع الدماغ التكوين الشبكي، والذي بدوره يحفز الوعي والأنشطة في كل أجزاء القشرة المخية.
خلايا الدماغ. يحتوي الدماغ البشري على عدد يتراوح بين 10 بلايين و100 بليون عصبون. وكل هذه العصبونات تكون موجودة خلال الأشهر القليلة الأولى من الولادة. وبعد أن يبلغ الشخص عشرين سنة يتعرض إلى فقدان بعض العصبونات، حيث يموت عدد من العصبونات أو يختفي كل يوم. وبصفة عامة، لاتعوض العصبونات الميتة خلال حياة الشخص، ولكن الفقد لايتجاوز 10% من العدد الكلي للعصبونات، طوال الحياة.
المسارات العصبية يتقاطع بعضها مع بعض أثناء مرورها عبر جذع الدماغ. ويرتبط كل من نصفي الكرة المخية بالجانب المعاكس من المخيخ، ويتحكم في الجانب المعاكس من الجسم.