يمكن تصنيف الأدوية بطرق متعددة، فمثلًا اعتمادًا على أشكالها، يمكن أن تصنف الأدوية إلى كبسولات أو غازات أو سوائل، كما يمكن تقسيمها تبعًا لطريقة تعاطيها بالبلع أو الاستنشاق أو الحقن، أو تبعًا لتكوينها الكيميائي. ولكن علماء علم الأدوية يقسِّمونها حسب تأثيرها الرئيسي في الجسم، وفي هذا التقسيم نلاحظ دخول معظم الأدوية ضمن مجموعة واحدة، تضم نحو اثنتي عشرة مجموعة، ومن أهم هذه المجموعات: 1- الأدوية القاتلة للجراثيم 2- الأدوية الواقية من الأمراض المعدية 3- الأدوية المؤثرة على القلب والأوعية الدموية 4- الأدوية المؤثرة على الجهاز العصبي.
ولكن يجب ملاحظة تأثير الأدوية على الجسم بأكثر من طريقة، وعلى أكثر من عضو. فبعض الأدوية تؤخذ للتأثير على الجهاز العصبي، ولكنها تؤثر أيضًا على القلب. وفي هذا الجزء من المقالة ستتم مناقشة الأدوية وتصنيفها حسب تأثيرها الرئيسي في الجسم.
الأدوية التي تفتك بالجراثيم. تُقسم الأدوية التي تفتك بالجراثيم أو تساعد الجسم على الفتك بالجراثيم إلى نوعين: 1- المضادات الحيوية 2- السلفا. يصف الأطباء هذه الأدوية لعلاج التهاب السحايا ومرض الالتهاب الرئوي والعديد من الأمراض المعدية. وتُبيد الجرعات الكبيرة من عقار البنسلين وغيره من المضادات الحيوية الجراثيم المسببة للأمراض، بينما تُضعف الجرعات الصغيرة من هذه الأدوية قدرة الجراثيم على التكاثر في الجسم، وبذلك تساعد أجهزة المناعة والدفاع في الجسم على التخلّص منها، وتمنع عقاقير السلفا، وبعض المضادات الحيوية نمو الجراثيم وتكاثرها في الجسم، وقد يبيد بعض هذه الأدوية الجراثيم. انظر: المضادات الحيوية؛ السلفا.
الأدوية الواقية من الأمراض المعدية. تُقسم الأدوية الواقية من الأمراض المعدية إلى نوعين:1- اللقاحات 2- الأمصال الضدية والجُلوبيلينات.