وقد استطاعت بعض الحشرات مثل دودة اللوز وخنفساء اللوز ودودة براعم التبغ اكتساب مناعة ضد بعض المبيدات الحشرية، كما أن لبعض هذه المبيدات خصائص بيئية ضارة مثل القضاء على الحشرات النافعة بالإضافة إلى الحشرات الضارة. وقد اتجه مزارعو القطن إلى طرق أخرى لمكافحة الآفات الحشرية المضرة بالقطن مثل استخدام الأعداء الطبيعيين لهذه الحشرات كالنمل والبق القاتل والعنكبوت. ومن الطرق الأخرى لمكافحة الآفات استخدام العوامل الميكروبية والفيرومونات.
وتشمل العوامل الميكروبية البكتيريا، والفيروسات التي تفتك بآفات القطن. أما الفيرومونات فهي روائح كيميائية تنتجها الحشرات وبعض الحيوانات وسيلة للاتصال. عندئذ يستخدم المزارعون الفيرومونات الجاذبة جنسيًا للحشرات الضارة طعمًا للشرك. ولقد أدى اكتساب بعض أنواع الحشرات المناعة ضد المبيدات إلى عدم الاعتماد على المبيدات الكيميائية.
ونتيجة لعدم استطاعة أي مبيد حشري مقاومة دودة اللوز القرنفلية بصورة فعالة، يلجأ المزارعون إلى تعقيم بذور القطن واستخدام آلات لتقطيع سيقان وأوراق نبات القطن بعد الانتهاء من جني المحصول ثم تحرث الأرض لخلط التربة بهذه المخلفات، وبذلك تكافح دودة اللوز القرنفلية وسوسة اللوز.
تتعرض جذور نبات القطن إلى ديدان مجهرية تعرف بالدودة الخيطية. وتؤدي الإصابة بالدودة الخيطية إلى زيادة درجة تعرض النبات للإصابة بالكائنات الممرضة الأخرى. وتؤدي الدودة الخيطية إلى قلة الغذاء والماء المتوافر للنبات مما يؤدي إلى ذبوله وتقزمه، وبالتالي يقل الإنتاج (المحصول) . ويمكن مكافحة الدودة الخيطية عن طريق تبخير التربة أو عن طريق زراعة محاصيل مقاومة في الدورة الزراعية.