تصيب أمراض القطن البادرات (النباتات الصغيرة) وكذلك النباتات الكبيرة. إن اتباع أسلوب معالجة البذور أو رش مراقد البذور بالمبيدات الفطرية قبل بداية الزراعة يمكّن المزارعين من مكافحة أمراض البادرات. انظر: الفطريات؛ مبيد الفطريات. وتوفر المبيدات الفطرية أيضًا الحماية للقطن النامي، ويمكن جزئيًا مكافحة أمراض نبات القطن، مثل الذبول واللفحة، عن طريق استخدام الأصناف المقاومة للأمراض.
جني القطن. يبدأ حصاد القطن بعد فترة تترواح بين 6 و10 أشهر من تاريخ زراعته، حينما تنشق لوزة القطن البنية وتتفتح بحيث تظهر أليافها البيضاء.
وحتى منتصف ستينيات القرن العشرين كان القطن يحصد يدويًا. ففي الفترة التي سبقت الحرب الأهلية الأمريكية، كان المستعبدون يسخّرون لزراعة محصول القطن وحصاده في المزارع الكبيرة. أما الآن فيحصد معظم محصول القطن آليًا في جميع دول العالم الصناعي تقريبًا، وهناك طريقتان لحصاد القطن آليا وهما النزع والجني.
تستخدم آلات النزع في المناطق التي تجعل فيها التربة والمناخ وتعدد الأصناف نبات القطن قصيرًا نسبيًا. وهذه الطريقة تعتبر أرخص طريقة للحصاد. وأثناء مرور آلة النزع بطول خطوط نبات القطن، تمر النباتات بين الدوارات أو الفرش المتحركة حيث ينزع لوز القطن وبعض الأفرع والأوراق.
وتوجد في بعض آلات نزع لوز القطن أدوات ثابتة تشبه الأصابع تقوم بعملية نزع اللوز. وتنزع آلة نزع اللوز، مع القطن العديد من بقايا النبات، مما يستدعي القيام بعملية تنظيف لهذه المخلفات بواسطة آلات خاصة. وتقوم بعض آلات نزع اللوز بعمليات تنظيف أولية في الحقل.