التعقيم يقتل البكتيريا التي تحمل الأمراض. تعقم معظم المعامل الماء بإضافة مادة الكلور إليه. وقد يضاف الكلور للماء قبل عمليات التخثير والترويق. يضاف الكلور غالبًا بعد عملية التصفية. وتضيف معظم المدن الكلور إلى مياهها حتى ولو لم تعالج بأي طريق آخر. انظر: الكلور.
هناك عمليات أخرى تستعمل للتخلص من طعم الماء ورائحته غير المرغوبة أو لإعطائه صفات خاصة تحسن طعمه ورائحته. في هذه العملية يرش الماء أو يقطر خلال الهواء حيث يقوم أكسجين الهواء بتخليص الماء من رائحته وطعمه.
ويحتوي الماء عند كثير من المجتمعات البشرية على بعض المعادن التي تجعله عَسرًا. والماء العَسر يتطلب كميات كبيرة من الصابون لتكوين رغوة. كما أنه يشكل رواسب على جدران الأنابيب والمعدات الأخرى. وهناك عمليات عديدة لجعله ماء يسرًا. انظر: إزالة عسر الماء. وتضيف بعض المدن الجير أو رماد الصودا إلى الماء لمنع صدأ الأنابيب. كما تساعد مادة الكربون المنشط على تحسين طعم ورائحة الماء وإزالة الكيميائيات السامة منه.
وتضيف كثير من التجمعات البشرية مادة الفلوريد لمياهها لمكافحة تسوس الأسنان. انظر: معالجة مياه الشرب بالفلوريدات.
معمل تنقية المياه الرئيسي في شيكاغو يعتبر أكبر معمل لمعالجة المياه في العالم. وهو يخدم حوالي 2,8 مليون نسمة في شيكاغو والضواحي القريبة منها. وتبلغ طاقته الإنتاجية حوالي 5,7 بلايين لتر من الماء يوميًا. وقد أقيم على شبه جزيرة صناعية تمتد إلى داخل بحيرة ميتشيجان تبلغ مساحتها 25 هكتارًا.