وبالإضافة إلى الخصائص الأساسية الموجودة في المجاهر العامة، يوجد في المجاهر المستخدمة في البحث العلمي خصائص أخرى خاصة بها. على سبيل المثال، تستخدم المنضدة الآلية التي تُسهِّل لمستخدم المجهر وضع الشريحة بدقَّة على منضدة العينات. ويوجد بداخل العديد من المجاهر المتقدمة مصابيح تُعرف باسم المضيئات التحتية للمنضدة بدلًا من المرآة. وتتيح هذه الأداة لمستخدِم المجهر إمكانية التحكم في إضاءة العيّنة بطريقة أفضل. كما تُزوَّد بعض المجاهر بعدسة مجسمة تحت المنضدة تقوم بتركيز الضوء الناتج من مصدر الضوء تحت المنضدة أو المرآة على عينة الفحص لإضاءتها بشكل أفضل. وتحتوي بعض العدسات العينية على شعرتين متعامدتين متحركتين، أو على مقياس متحرك لتحديد أبعاد العينات. ويقوم مقياسٌ دقيقٌ مثبَّت على المنضدة الآلية بقياس التكبير الحقيقي للعينة.
يحتوي الكثير من مجاهر البحوث على أنبوب ثنائي العين يعمل على تجزئة الضوء الصادر من الشيئية إلى حزمتين. وتتيح عينية كل حزمة، لمستخدم المجهر، إمكانية توضيح العينة بكلتا عينيه. ولبعض المجاهر أنابيب ثلاثية العين تقوم بتجزئة الضوء من العينة إلى ثلاث حزم؛ حزمة لكل عين، وحزمة إضافية توجه إلى مجهر مجسم متصل بالمجهر كأحد مكوناته. ويعطي المجهر المجسم صورة مجسَّمة ثلاثية الأبعاد للعينة. ويوجد في المجهر المجسم عدسات شيئية وعينية منفصلة لكل عين.
ويستخدم العلماء مجاهر خاصة لدراسة الأجزاء التفصيلية للخلايا الحية أو الميكروبات؛ وذلك نظرًا لعدم إمكانية استخدام المجاهر العادية لهذا الغرض، حيث تقتل مواد التلوين معظم الخلايا أو الميكروبات التي يراد جعل بعض أجزائها مرئيًا. ويستخدم الكثير من الباحثين ظاهرة تباين الطّور، ومجهر المجال المظلم لدراسة الأشياء الحية.