ومنذ قديم الزمان استعمل الإنسان لحم السلاحف المائية وبيضها للغذاء كما استخدم أصدافها للزينة. ولذلك فإن أكثر الأنواع من السلاحف المائية المهددة بالانقراض هي الأكثر أهمية من الناحية الاقتصادية. ومثال ذلك السلحفاة المائية الخضراء التي تمثل غذاءً محبوبًا في كثير من مناطق العالم. واستهلاك الإنسان للحمها وبيضها قد هدد بقاءها بصورة خطيرة. وقد وصلت السلحفاة المائية صقرية المنقار إلى درجة الانقراض تقريبًا نتيجة لمادة صدف السلاحف التي تستخدم في تصنيع تحف الزينة التي تستخرج من درقتها. كما يهدد الناس السلاحف المائية كذلك بتسميم بيئاتها بالتلوث، وتحويل الغابات والمستنقعات والمناطق الطبيعية الأخرى إلى مدن ومزارع، مما يهدد أنواعًا معينة من السلاحف المائية بالانقراض.
وتمنع بعض الحكومات صيد الأنواع النادرة من السلاحف المائية. وقد أقيمت محميات للسلاحف المائية في بعض المناطق. ويحاول العلماء تربية الأنواع القيمة من السلاحف المائية في مزارع خاصة بها. وينبغي لعلماء الحيوان التعرف على الكثير من خفايا حياة السلاحف المائية في البرية حتى يتمكنوا من إنقاذ كثير من أنواع السلاحف المائية المهددة بالانقراض. انظر: سلحفاة المياه العذبة؛ السلحفاة البرية.